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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 请高手指点一下，一个加氢键精修的问题，软件加氢键后运行不了
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wzgynkmlhf

金虫 (著名写手)

[求助] 请高手指点一下，一个加氢键精修的问题，软件加氢键后运行不了

我已经到加氢键的那一步，我的晶体对称性非常好，空间群是P63/m
在ins中用了
BOND $H
HTAB后
在lst文件中找到氢键
Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   
O1-H1A         0.860    2.338   125.99    2.927    N1 [ -x+y, -x-1, -z+1/2 ]
O1-H1A         0.860    2.338   125.99    2.927    N1 [ -x+y, -x-1, z ]

O1-H1B         0.860    2.306   133.83    2.967    O1W [ x, y-1, z ]
O1-H1B         0.860    2.466   118.18    2.970    N1 [ -y-1, x-y-1, z ]

O1W-H1WA       0.860    2.391   124.82    2.967    O1 [ -x+y, -x-1, -z+1/2 ]
O1W-H1WA       0.860    2.559   136.37    3.237    N1 [ -x+y-1, -x-1, z ]

O1W-H1WB       0.860    2.668   154.35    3.464    N1 [ x-y-1, x, -z ]
然后我按照加氢键的方法
在ins中输入了以下
HTAB O1 N1_$1
HTAB O1 N1_$2
HTAB O1 O1W_$3
HTAB O1 N1_$4
HTAB O1W O1_$5
HTAB O1W N1_$6
HATB O1W N1_$7
EQIV $1 -x+y, -x-1, -z+1/2
EQIV $2 -x+y, -x-1, z
EQIV $3 x, y-1, z
EQIV $4 -y-1, x-y-1, z
EQIV $5 -x+y, -x-1, -z+1/2
EQIV $6 -x+y-1, -x-1, z
EQIV $7 x-y-1, x, -z eqiv $1 -x+y, -x-1, -z+1/2
点击保存，运行Xl
出现错误提示
ATOM NAMES NOT ALLOWED

如果我把上述的htab eqiv行删除再运行Xl ，又可以啦。
不知道问题出在哪里？
请高手指点。
我自己的猜想是，1，是不是因为我的晶体对称性太好了，所以出现氢键有重复的，比如HTAB O1 N1_$1
HTAB O1 N1_$2
2，是不是 我的氢键超出了范围，接近前面的5个接近3，后面的两个大于3


不知道可否不讨论呢？谢谢。
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1楼 2011-11-14 17:10:10
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gege820530

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
lijunjie84(金币+1): 谢谢回帖交流！ 2011-11-14 20:55:42
$1和$5的对称操作是一样的。改一下试试
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2楼2011-11-14 17:21:08
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knight1014

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
lijunjie84(金币+1): 谢谢回帖交流！ 2011-11-14 20:55:27
wzgynkmlhf(金币+30): 1 2011-11-15 09:05:14
有时候不要贪多，一个一个的来，反而不会出错。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-11-14 18:35:12
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wzgynkmlhf

金虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by knight1014 at 2011-11-14 18:35:12:
有时候不要贪多，一个一个的来，反而不会出错。

我这里是算氢键啊，应该是一起的啊。难道是说加氢一个一个来吗？谢谢
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4楼2011-11-14 19:56:57
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
lijunjie84(金币+1): 谢谢回帖交流！ 2011-11-14 20:55:12
先加eqiv命令，再加HTAB
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5楼2011-11-14 20:43:49
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★
drg1984(金币+1): 欢迎来晶体版发帖交流问题！ 2011-11-14 21:10:43
对称代码最好xp中找找看 lst的不一定准确
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6楼2011-11-14 20:58:09
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nanjiao_12

铁杆木虫 (著名写手)

Patience
好帖，我也来学习学习！
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坚持！
7楼2011-11-14 22:42:05
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wzgynkmlhf

金虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by yytsnake at 2011-11-14 20:43:49:
先加eqiv命令，再加HTAB

我试了很多次了，无论是htab 在前还是在后，或是交叉，都不行哦。谢谢。
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8楼2011-11-15 09:04:26
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wzgynkmlhf

金虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by huahua1216 at 2011-11-14 20:58:09:
对称代码最好xp中找找看 lst的不一定准确

能指点一下吗？如何在XP中找对称码？我以前没有试过。
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9楼2011-11-15 09:05:00
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)
★
drg1984(金币+1): 感谢您的建议和帮助！ 2011-11-15 10:12:20
引用回帖:
9楼: Originally posted by wzgynkmlhf at 2011-11-15 09:05:00:
能指点一下吗？如何在XP中找对称码？我以前没有试过。

简单说下
例如：O1-H1...N1
在xp中ENVI H1 2
会出现H1周围的很多原子，找到距离成氢键的N1
看看它的对称代码是什么 eg 1565
然后symm 会出现结构的对称代码 eg 1555  x y z
N1的对称代码就是x y+1 z
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10楼2011-11-15 09:08:28
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