| 查看: 2662 | 回复: 15 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
wzgynkmlhf金虫 (著名写手)
|
[求助]
请高手指点一下，一个加氢键精修的问题，软件加氢键后运行不了
|
||
|
我已经到加氢键的那一步，我的晶体对称性非常好，空间群是P63/m 在ins中用了 BOND $H HTAB后 在lst文件中找到氢键 Hydrogen bonds with H..A < r(A) + 2.000 Angstroms and D-H d(D-H) d(H..A) O1-H1A 0.860 2.338 125.99 2.927 N1 [ -x+y, -x-1, -z+1/2 ] O1-H1A 0.860 2.338 125.99 2.927 N1 [ -x+y, -x-1, z ] O1-H1B 0.860 2.306 133.83 2.967 O1W [ x, y-1, z ] O1-H1B 0.860 2.466 118.18 2.970 N1 [ -y-1, x-y-1, z ] O1W-H1WA 0.860 2.391 124.82 2.967 O1 [ -x+y, -x-1, -z+1/2 ] O1W-H1WA 0.860 2.559 136.37 3.237 N1 [ -x+y-1, -x-1, z ] O1W-H1WB 0.860 2.668 154.35 3.464 N1 [ x-y-1, x, -z ] 然后我按照加氢键的方法 在ins中输入了以下 HTAB O1 N1_$1 HTAB O1 N1_$2 HTAB O1 O1W_$3 HTAB O1 N1_$4 HTAB O1W O1_$5 HTAB O1W N1_$6 HATB O1W N1_$7 EQIV $1 -x+y, -x-1, -z+1/2 EQIV $2 -x+y, -x-1, z EQIV $3 x, y-1, z EQIV $4 -y-1, x-y-1, z EQIV $5 -x+y, -x-1, -z+1/2 EQIV $6 -x+y-1, -x-1, z EQIV $7 x-y-1, x, -z eqiv $1 -x+y, -x-1, -z+1/2 点击保存，运行Xl 出现错误提示 ATOM NAMES NOT ALLOWED 如果我把上述的htab eqiv行删除再运行Xl ，又可以啦。 不知道问题出在哪里？ 请高手指点。 我自己的猜想是，1，是不是因为我的晶体对称性太好了，所以出现氢键有重复的，比如HTAB O1 N1_$1 HTAB O1 N1_$2 2，是不是 我的氢键超出了范围，接近前面的5个接近3，后面的两个大于3 不知道可否不讨论呢？谢谢。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 常识学习 |
» 猜你喜欢
在MOF中，有没有羧基参加配位的情况
已经有2人回复
-
招2026年入学上海交通大学博士生，急！！！
已经有1人回复
-
无机化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有221人回复
-
理论计算合作
已经有0人回复
-
求高校合作
已经有1人回复
-
27级无机化学申博自荐
已经有2人回复
-
Chemdraw免费软件
已经有0人回复
-
单晶结构解析，各类疑难晶体数据处理和答疑
已经有38人回复
-
这个水相反应有没有催化剂促进发生
已经有4人回复
-
Mn Me3TACN
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请教个氢键生成问题
已经有15人回复
- 请高手指导，我的pymol为何不显示氢键
已经有4人回复
- ccdc -mercury 软件里面 功能键有个H-bond 是什么用的，是添加氢键的意思吗
已经有5人回复
- 求高手精修晶体并得到氢键表，本人非此专业。烦请高手求解
已经有9人回复
- 请教氢键问题？金币不是问题可再加，帮帮忙啊
已经有6人回复
- 叔胺算是易于形成氢键吗？坐等高人指点！
已经有4人回复
- 如何加游离水上的氢键？请达人讨论一下吧。有实例，有图有真相。
已经有4人回复
- 【请教】请问一下platon产生的氢键列表最后一列的对称码是干什么用的呢
已经有4人回复
- 【求助】请问氧原子有两对未共用电子对，可以同时作为两个氢键的受体吗
已经有7人回复
- 【讨论】一个氢原子能不能生成两个氢键
已经有3人回复
yytsnake
至尊木虫 (职业作家)
- 应助: 357 (硕士)
- 贵宾: 0.01
- 金币: 18204.3
- 散金: 5
- 红花: 36
- 帖子: 3189
- 在线: 444.6小时
- 虫号: 92066
- 注册: 2005-09-08
- 性别: GG
5楼2011-11-14 20:43:49
gege820530
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2002.8
- 红花: 2
- 帖子: 310
- 在线: 130.8小时
- 虫号: 583651
- 注册: 2008-07-25
- 性别: MM
- 专业: 应用高分子化学与物理
2楼2011-11-14 17:21:08
knight1014
至尊木虫 (著名写手)
- CMEI: 2
- 应助: 95 (初中生)
- 贵宾: 0.062
- 金币: 12445.8
- 散金: 1
- 红花: 23
- 帖子: 1415
- 在线: 789.9小时
- 虫号: 483393
- 注册: 2007-12-26
- 性别: GG
- 专业: 原子簇化学
3楼2011-11-14 18:35:12
wzgynkmlhf
金虫 (著名写手)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 1009.6
- 散金: 459
- 红花: 6
- 帖子: 1263
- 在线: 507.2小时
- 虫号: 352471
- 注册: 2007-04-22
- 性别: MM
- 专业: 天然药物化学
4楼2011-11-14 19:56:57
10