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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 请教个氢键生成问题
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chilajiao

金虫 (知名作家)

深海家族No.1

优秀版主

[求助] 请教个氢键生成问题

参照xi2004加氢的帖子
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=962939

1.我在ins中加入 HTAB，然后进行xl操作，在lst中找到如下信息

Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.
D-H           d(D-H)   d(H..A)    O7-H7A         0.820    1.880   174.78    2.697    O4 [ -x+1, -y, -z+1 ]

2.然后又在ins中加入如下命令，进行精修（此命令是否正确？）

ACTA
BOND $H
HTAB
HTAB O7 O4
EQIV $1 -x+1, -y, -z+1
HTAB O7 O4_$1


3.精修后lst找到如下信息
Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H)
  D-H          H...A        D...A        <(DHA)
  0.82         1.88         2.698(3)     174.8        O7-H7A...O4_$1
** No suitable H-bond found for O7...O4 = 17.993(4) A **

4.精修后cif中的氢键信息
loop_
_geom_hbond_atom_site_label_D
_geom_hbond_atom_site_label_H
_geom_hbond_atom_site_label_A
_geom_hbond_distance_DH
_geom_hbond_distance_HA
_geom_hbond_distance_DA
_geom_hbond_angle_DHA
_geom_hbond_site_symmetry_A
O7 H7A O4  0.82 1.88 2.698(3) 174.8 3_656



请问
1.O7—O4是否生成了氢键

2.这是planton计算的氢键如下


3.下一步该怎么操作呢

[ Last edited by chilajiao on 2011-10-30 at 14:42 ]
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只爱乐儿
1楼 2011-10-30 14:41:54
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897614771

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
chilajiao(金币+10): 谢谢耐心解答 2011-10-30 15:58:39
lichun1210(金币+2): 感谢回帖交流~ 2011-10-30 15:59:23
chilajiao(金币+8): :D 2011-11-10 10:24:19
我觉得是氢键 其实不用加后面的命令就可以看氢键了
加的话只是在cif中生成而已
你把htab O7 O4去掉试试
系统可能误认为是分子内的了
所以后面加的命令没用
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-10-30 15:48:07
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chilajiao

金虫 (知名作家)

深海家族No.1

优秀版主
引用回帖:
2楼: Originally posted by 897614771 at 2011-10-30 15:48:07:
我觉得是氢键 其实不用加后面的命令就可以看氢键了
加的话只是在cif中生成而已
你把htab O7 O4去掉试试
系统可能误认为是分子内的了
所以后面加的命令没用

我需要在cif中生成，所以才加了命令

请问，H键是不是分为分子内和分子间的？我的这个是分子间的？
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只爱乐儿
3楼2011-10-30 15:56:03
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897614771

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
lichun1210(金币+5): 感谢回帖交流~ 2011-10-30 17:01:48
嗯
O4 [ -x+1, -y, -z+1 ]

后面有代码嘛 不是1555的基本上其他分子的 还有可能是你对称出来的我不确定直接O7 O4肯定是分子内的说 你自己看看你的结构就知道了
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4楼2011-10-30 16:07:06
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897614771

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by chilajiao at 2011-10-30 15:56:03:
我需要在cif中生成，所以才加了命令

请问，H键是不是分为分子内和分子间的？我的这个是分子间的？

刚刚去掉有没有用啊
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5楼2011-10-30 16:07:53
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chilajiao

金虫 (知名作家)

深海家族No.1

优秀版主
引用回帖:
5楼: Originally posted by 897614771 at 2011-10-30 16:07:53:
刚刚去掉有没有用啊

去掉你说的那个命令

精修ins后lst内氢键信息

Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H)
  D-H          H...A        D...A        <(DHA)
  0.82         1.88         2.698(3)     174.9        O7-H7A...O4_$1

cif里的氢键信息

loop_
_geom_hbond_atom_site_label_D
_geom_hbond_atom_site_label_H
_geom_hbond_atom_site_label_A
_geom_hbond_distance_DH
_geom_hbond_distance_HA
_geom_hbond_distance_DA
_geom_hbond_angle_DHA
_geom_hbond_site_symmetry_A
O7 H7A O4  0.82 1.88 2.698(3) 174.9 3_656


从数据上和Hg中看，去掉前后好像没什么区别，
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只爱乐儿
6楼2011-10-30 16:18:59
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chilajiao

金虫 (知名作家)

深海家族No.1

优秀版主
引用回帖:
5楼: Originally posted by 897614771 at 2011-10-30 16:07:53:
刚刚去掉有没有用啊

lst中
<(DHA)由之前的174.8变成了174.9

** No suitable H-bond found for O7...O4 = 17.993(4) A **
这句话没了，为什么去掉那个命令后就没了呢
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只爱乐儿
7楼2011-10-30 16:22:49
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897614771

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by chilajiao at 2011-10-30 16:22:49:
lst中
<(DHA)由之前的174.8变成了174.9

** No suitable H-bond found for O7...O4 = 17.993(4) A **
这句话没了，为什么去掉那个命令后就没了呢

不是说他是误认为是O7(1555)  O4(1555)
实际上是o7（1555） O4(3565)还是什么的吗
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8楼2011-10-30 16:28:25
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897614771

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by chilajiao at 2011-10-30 16:22:49:
lst中
<(DHA)由之前的174.8变成了174.9

** No suitable H-bond found for O7...O4 = 17.993(4) A **
这句话没了，为什么去掉那个命令后就没了呢

是3656 也就是哪个$1
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9楼2011-10-30 16:29:37
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chilajiao

金虫 (知名作家)

深海家族No.1

优秀版主
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9楼: Originally posted by 897614771 at 2011-10-30 16:29:37:
是3656 也就是哪个$1

现在是不是就都解决了啊？
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只爱乐儿
10楼2011-10-30 16:41:46
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