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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 请教个氢键生成问题
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yezi2010xd

木虫 (正式写手)

叶子

【答案】应助回帖

chilajiao(金币+5): 谢谢 2011-11-01 08:31:22
引用回帖:
3楼: Originally posted by chilajiao at 2011-10-30 15:56:03:
我需要在cif中生成，所以才加了命令

请问，H键是不是分为分子内和分子间的？我的这个是分子间的？

按cif中的格式把lst文件中的H键copy至cif中即可
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努力做自己，
11楼2011-10-31 08:34:40
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cfocus20

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
木瓜少爷(金币+2): 鼓励回帖交流~ 2011-11-01 00:21:16
chilajiao(金币+15): 谢谢老师 2011-11-01 08:32:50
chilajiao(金币+7): 还有几个金币，分了吧 :D 2011-11-10 10:23:49
3.精修后lst找到如下信息
Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H)
   D-H          H...A        D...A        <(DHA)
   0.82         1.88         2.698(3)     174.8        O7-H7A...O4_$1
** No suitable H-bond found for O7...O4 = 17.993(4) A **
系統認定?K沒有氫鍵的形成
但是如果你認定有氫鍵的作用產生, 可以再一次查閱O的van der wall radius是否在範圍內, 或者兩個氧原子有overlap, 如果有就是有氫鍵, 不過是很微弱的那一種!!
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Smart_work_and_beautiful_life!
12楼2011-10-31 10:41:42
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chilajiao

金虫 (知名作家)

深海家族No.1

优秀版主
引用回帖:
12楼: Originally posted by cfocus20 at 2011-10-31 10:41:42:
3.精修后lst找到如下信息
Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H)
   D-H          H...A        D...A        <(DHA)
   0.82         1.88         2.698(3)     174.8         ...

我查了一下O的范德華半?皆�1.5左右


又在Hg里測量了一下DA距離,2.596和2.698


請問能不能判定有弱的氫鍵呢？
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只爱乐儿
13楼2011-10-31 11:56:55
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★
木瓜少爷(金币+1): 鼓励回帖交流 2011-11-01 00:27:49
引用回帖:
2楼: Originally posted by 897614771 at 2011-10-30 15:48:07:
我觉得是氢键 其实不用加后面的命令就可以看氢键了
加的话只是在cif中生成而已
你把htab O7 O4去掉试试
系统可能误认为是分子内的了
所以后面加的命令没用

加的有用， 是为了在cif中有氢键。这个有时投稿是需要的。
但注意对称操作码，platon的可能会有误。 参见我的帖子。
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xi2004-emuch@163.com
14楼2011-10-31 12:57:22
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★
木瓜少爷(金币+1): 鼓励回帖交流~ 2011-11-01 00:28:02
chilajiao: 回帖置顶 2012-03-27 16:40:33
二楼说得对。

HTAB O7 O4
以上这个是要去掉的。

但
EQIV $1 -x+1, -y, -z+1
HTAB O7 O4_$1

以上这两行是要保留的。

O7是和 O4_$1产生了氢键，而不是和 O4
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xi2004-emuch@163.com
15楼2011-10-31 13:01:02
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chilajiao

金虫 (知名作家)

深海家族No.1

优秀版主
引用回帖:
15楼: Originally posted by xi2004 at 2011-10-31 13:01:02:
二楼说得对。

HTAB O7 O4
以上这个是要去掉的。

但
EQIV $1 -x+1, -y, -z+1
HTAB O7 O4_$1

以上这两行是要保留的。

O7是和 O4_$1产生了氢键，而不是和 O4

多谢xi2004老师指导，我就是参照您以前的帖子操作的

我再按照您的指导弄一边
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只爱乐儿
16楼2011-10-31 17:18:45
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