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[求助]
请教个氢键生成问题
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参照xi2004加氢的帖子 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=962939 1.我在ins中加入 HTAB，然后进行xl操作，在lst中找到如下信息 Hydrogen bonds with H..A < r(A) + 2.000 Angstroms and D-H d(D-H) d(H..A) 2.然后又在ins中加入如下命令，进行精修（此命令是否正确？） ACTA BOND $H HTAB HTAB O7 O4 EQIV $1 -x+1, -y, -z+1 HTAB O7 O4_$1 3.精修后lst找到如下信息 Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H) D-H H...A D...A <(DHA) 0.82 1.88 2.698(3) 174.8 O7-H7A...O4_$1 ** No suitable H-bond found for O7...O4 = 17.993(4) A ** 4.精修后cif中的氢键信息 loop_ _geom_hbond_atom_site_label_D _geom_hbond_atom_site_label_H _geom_hbond_atom_site_label_A _geom_hbond_distance_DH _geom_hbond_distance_HA _geom_hbond_distance_DA _geom_hbond_angle_DHA _geom_hbond_site_symmetry_A O7 H7A O4 0.82 1.88 2.698(3) 174.8 3_656 请问 1.O7—O4是否生成了氢键 2.这是planton计算的氢键如下  3.下一步该怎么操作呢 [ Last edited by chilajiao on 2011-10-30 at 14:42 ] |
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【答案】应助回帖
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木瓜少爷(金币+2): 鼓励回帖交流~ 2011-11-01 00:21:16
chilajiao(金币+15): 谢谢老师 2011-11-01 08:32:50
chilajiao(金币+7): 还有几个金币，分了吧 :D 2011-11-10 10:23:49
木瓜少爷(金币+2): 鼓励回帖交流~ 2011-11-01 00:21:16
chilajiao(金币+15): 谢谢老师 2011-11-01 08:32:50
chilajiao(金币+7): 还有几个金币，分了吧 :D 2011-11-10 10:23:49
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3.精修后lst找到如下信息 Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H) D-H H...A D...A <(DHA) 0.82 1.88 2.698(3) 174.8 O7-H7A...O4_$1 ** No suitable H-bond found for O7...O4 = 17.993(4) A ** 系統認定?K沒有氫鍵的形成 但是如果你認定有氫鍵的作用產生, 可以再一次查閱O的van der wall radius是否在範圍內, 或者兩個氧原子有overlap, 如果有就是有氫鍵, 不過是很微弱的那一種!! |
12楼2011-10-31 10:41:42