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请教个氢键生成问题
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参照xi2004加氢的帖子 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=962939 1.我在ins中加入 HTAB，然后进行xl操作，在lst中找到如下信息 Hydrogen bonds with H..A < r(A) + 2.000 Angstroms and D-H d(D-H) d(H..A) 2.然后又在ins中加入如下命令，进行精修（此命令是否正确？） ACTA BOND $H HTAB HTAB O7 O4 EQIV $1 -x+1, -y, -z+1 HTAB O7 O4_$1 3.精修后lst找到如下信息 Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H) D-H H...A D...A <(DHA) 0.82 1.88 2.698(3) 174.8 O7-H7A...O4_$1 ** No suitable H-bond found for O7...O4 = 17.993(4) A ** 4.精修后cif中的氢键信息 loop_ _geom_hbond_atom_site_label_D _geom_hbond_atom_site_label_H _geom_hbond_atom_site_label_A _geom_hbond_distance_DH _geom_hbond_distance_HA _geom_hbond_distance_DA _geom_hbond_angle_DHA _geom_hbond_site_symmetry_A O7 H7A O4 0.82 1.88 2.698(3) 174.8 3_656 请问 1.O7—O4是否生成了氢键 2.这是planton计算的氢键如下  3.下一步该怎么操作呢 [ Last edited by chilajiao on 2011-10-30 at 14:42 ] |
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2楼2011-10-30 15:48:07
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5楼2011-10-30 16:07:53
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去掉你说的那个命令 精修ins后lst内氢键信息 Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H) D-H H...A D...A <(DHA) 0.82 1.88 2.698(3) 174.9 O7-H7A...O4_$1 cif里的氢键信息 loop_ _geom_hbond_atom_site_label_D _geom_hbond_atom_site_label_H _geom_hbond_atom_site_label_A _geom_hbond_distance_DH _geom_hbond_distance_HA _geom_hbond_distance_DA _geom_hbond_angle_DHA _geom_hbond_site_symmetry_A O7 H7A O4 0.82 1.88 2.698(3) 174.9 3_656 从数据上和Hg中看，去掉前后好像没什么区别， |
6楼2011-10-30 16:18:59
7楼2011-10-30 16:22:49
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8楼2011-10-30 16:28:25
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