| 查看: 2708 | 回复: 15 | |||||||||
[求助]
请教个氢键生成问题
|
|
参照xi2004加氢的帖子 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=962939 1.我在ins中加入 HTAB，然后进行xl操作，在lst中找到如下信息 Hydrogen bonds with H..A < r(A) + 2.000 Angstroms and D-H d(D-H) d(H..A) 2.然后又在ins中加入如下命令，进行精修（此命令是否正确？） ACTA BOND $H HTAB HTAB O7 O4 EQIV $1 -x+1, -y, -z+1 HTAB O7 O4_$1 3.精修后lst找到如下信息 Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H) D-H H...A D...A <(DHA) 0.82 1.88 2.698(3) 174.8 O7-H7A...O4_$1 ** No suitable H-bond found for O7...O4 = 17.993(4) A ** 4.精修后cif中的氢键信息 loop_ _geom_hbond_atom_site_label_D _geom_hbond_atom_site_label_H _geom_hbond_atom_site_label_A _geom_hbond_distance_DH _geom_hbond_distance_HA _geom_hbond_distance_DA _geom_hbond_angle_DHA _geom_hbond_site_symmetry_A O7 H7A O4 0.82 1.88 2.698(3) 174.8 3_656 请问 1.O7—O4是否生成了氢键 2.这是planton计算的氢键如下  3.下一步该怎么操作呢 [ Last edited by chilajiao on 2011-10-30 at 14:42 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 初学晶体 | 解晶体 | 软件专辑以及解析晶体相关问题 | 与晶体相关的好帖子 |
| XP画图 | crystal |
» 本帖@通知
» 猜你喜欢
在MOF中，有没有羧基参加配位的情况
已经有2人回复
-
招2026年入学上海交通大学博士生，急！！！
已经有1人回复
-
无机化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有87人回复
-
理论计算合作
已经有0人回复
-
求高校合作
已经有1人回复
-
27级无机化学申博自荐
已经有2人回复
-
Chemdraw免费软件
已经有0人回复
-
单晶结构解析，各类疑难晶体数据处理和答疑
已经有38人回复
-
这个水相反应有没有催化剂促进发生
已经有4人回复
-
Mn Me3TACN
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 形成氢键的化合物用什么溶剂养单晶可避免形成双晶？
已经有6人回复
- 生成tex文件里的氢键数很少，怎么办？
已经有5人回复
- 什么东西可以抑制分子内或分子间氢键的形成？氢键抑制剂都有哪些？
已经有5人回复
- 氘代乙酸、氘代三氟乙酸会和酰胺形成氢键不？
已经有9人回复
- 大家推荐几种分子间能形成较强作用力的单体（氢键，偶极作用等）
已经有4人回复
- 【求助】AUTODOCK 产生的氢键原理~
已经有5人回复
- 【请教】请问一下platon产生的氢键列表最后一列的对称码是干什么用的呢
已经有4人回复
- 【讨论】什么影响氢键的形成？
已经有11人回复
- 【求助】请问硫能形成氢键吗？
已经有10人回复
- 【讨论】关于不同z值处的水能形成氢键数的脚本讨论
已经有4人回复
- 【讨论】一个氢原子能不能生成两个氢键
已经有3人回复
897614771
木虫 (正式写手)
- CMEI: 1
- 应助: 32 (小学生)
- 贵宾: 0.067
- 金币: 1843.3
- 散金: 34
- 红花: 10
- 帖子: 716
- 在线: 225.9小时
- 虫号: 1232729
- 注册: 2011-03-14
- 性别: MM
- 专业: 配位化学
2楼2011-10-30 15:48:07
3楼2011-10-30 15:56:03
897614771
木虫 (正式写手)
- CMEI: 1
- 应助: 32 (小学生)
- 贵宾: 0.067
- 金币: 1843.3
- 散金: 34
- 红花: 10
- 帖子: 716
- 在线: 225.9小时
- 虫号: 1232729
- 注册: 2011-03-14
- 性别: MM
- 专业: 配位化学
4楼2011-10-30 16:07:06
897614771
木虫 (正式写手)
- CMEI: 1
- 应助: 32 (小学生)
- 贵宾: 0.067
- 金币: 1843.3
- 散金: 34
- 红花: 10
- 帖子: 716
- 在线: 225.9小时
- 虫号: 1232729
- 注册: 2011-03-14
- 性别: MM
- 专业: 配位化学
5楼2011-10-30 16:07:53
|
去掉你说的那个命令 精修ins后lst内氢键信息 Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H) D-H H...A D...A <(DHA) 0.82 1.88 2.698(3) 174.9 O7-H7A...O4_$1 cif里的氢键信息 loop_ _geom_hbond_atom_site_label_D _geom_hbond_atom_site_label_H _geom_hbond_atom_site_label_A _geom_hbond_distance_DH _geom_hbond_distance_HA _geom_hbond_distance_DA _geom_hbond_angle_DHA _geom_hbond_site_symmetry_A O7 H7A O4 0.82 1.88 2.698(3) 174.9 3_656 从数据上和Hg中看，去掉前后好像没什么区别， |
6楼2011-10-30 16:18:59
7楼2011-10-30 16:22:49
897614771
木虫 (正式写手)
- CMEI: 1
- 应助: 32 (小学生)
- 贵宾: 0.067
- 金币: 1843.3
- 散金: 34
- 红花: 10
- 帖子: 716
- 在线: 225.9小时
- 虫号: 1232729
- 注册: 2011-03-14
- 性别: MM
- 专业: 配位化学
8楼2011-10-30 16:28:25
897614771
木虫 (正式写手)
- CMEI: 1
- 应助: 32 (小学生)
- 贵宾: 0.067
- 金币: 1843.3
- 散金: 34
- 红花: 10
- 帖子: 716
- 在线: 225.9小时
- 虫号: 1232729
- 注册: 2011-03-14
- 性别: MM
- 专业: 配位化学
9楼2011-10-30 16:29:37
10楼2011-10-30 16:41:46
30