应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 请教个氢键生成问题
51/1返回列表
查看: 2463  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

chilajiao

金虫 (知名作家)

深海家族No.1

优秀版主

[求助] 请教个氢键生成问题

参照xi2004加氢的帖子
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=962939

1.我在ins中加入 HTAB，然后进行xl操作，在lst中找到如下信息

Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.
D-H           d(D-H)   d(H..A)    O7-H7A         0.820    1.880   174.78    2.697    O4 [ -x+1, -y, -z+1 ]

2.然后又在ins中加入如下命令，进行精修（此命令是否正确？）

ACTA
BOND $H
HTAB
HTAB O7 O4
EQIV $1 -x+1, -y, -z+1
HTAB O7 O4_$1


3.精修后lst找到如下信息
Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H)
  D-H          H...A        D...A        <(DHA)
  0.82         1.88         2.698(3)     174.8        O7-H7A...O4_$1
** No suitable H-bond found for O7...O4 = 17.993(4) A **

4.精修后cif中的氢键信息
loop_
_geom_hbond_atom_site_label_D
_geom_hbond_atom_site_label_H
_geom_hbond_atom_site_label_A
_geom_hbond_distance_DH
_geom_hbond_distance_HA
_geom_hbond_distance_DA
_geom_hbond_angle_DHA
_geom_hbond_site_symmetry_A
O7 H7A O4  0.82 1.88 2.698(3) 174.8 3_656



请问
1.O7—O4是否生成了氢键

2.这是planton计算的氢键如下


3.下一步该怎么操作呢

[ Last edited by chilajiao on 2011-10-30 at 14:42 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

初学晶体 解晶体 软件专辑以及解析晶体相关问题 与晶体相关的好帖子
XP画图 crystal

» 本帖@通知

@897614771 @cfocus20 @秦涞 @drg1984 @休眠火山 @knight1014 @lichun1210 @lijunjie84 @soso800120 ... 查看更多

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
只爱乐儿
1楼 2011-10-30 14:41:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

897614771

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
lichun1210(金币+5): 感谢回帖交流~ 2011-10-30 17:01:48
嗯
O4 [ -x+1, -y, -z+1 ]

后面有代码嘛 不是1555的基本上其他分子的 还有可能是你对称出来的我不确定直接O7 O4肯定是分子内的说 你自己看看你的结构就知道了
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-10-30 16:07:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答

897614771

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
chilajiao(金币+10): 谢谢耐心解答 2011-10-30 15:58:39
lichun1210(金币+2): 感谢回帖交流~ 2011-10-30 15:59:23
chilajiao(金币+8): :D 2011-11-10 10:24:19
我觉得是氢键 其实不用加后面的命令就可以看氢键了
加的话只是在cif中生成而已
你把htab O7 O4去掉试试
系统可能误认为是分子内的了
所以后面加的命令没用
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-10-30 15:48:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chilajiao

金虫 (知名作家)

深海家族No.1

优秀版主
引用回帖:
2楼: Originally posted by 897614771 at 2011-10-30 15:48:07:
我觉得是氢键 其实不用加后面的命令就可以看氢键了
加的话只是在cif中生成而已
你把htab O7 O4去掉试试
系统可能误认为是分子内的了
所以后面加的命令没用

我需要在cif中生成，所以才加了命令

请问，H键是不是分为分子内和分子间的？我的这个是分子间的？
赞一下 回复此楼
只爱乐儿
3楼2011-10-30 15:56:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

897614771

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by chilajiao at 2011-10-30 15:56:03:
我需要在cif中生成，所以才加了命令

请问，H键是不是分为分子内和分子间的？我的这个是分子间的？

刚刚去掉有没有用啊
赞一下 回复此楼
5楼2011-10-30 16:07:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 急需调剂 +7 绝不放弃22 2026-04-15 8/400 2026-04-17 23:54 by 绝不放弃22
[考研] 一志愿华中农业071010，320求调剂 +17 困困困困坤坤 2026-04-14 19/950 2026-04-17 20:08 by 关一盏灯cd
[考研] 一志愿中科大材料与化工，353分还有调剂学校吗 +10 否极泰来2026 2026-04-15 12/600 2026-04-17 17:54 by mapenggao
[考研] 320求调剂 +4 深郊akm 2026-04-17 4/200 2026-04-17 17:32 by 一切OK
[考研] 0854求调剂 +21 门路摸摸 2026-04-15 25/1250 2026-04-17 15:45 by qzxyhcsy
[论文投稿] 有没有接收比较快的sci期刊呀，最好在一个月之内的，研三孩子求毕业 20+4 之护着 2026-04-16 5/250 2026-04-17 10:02 by bobvan
[考研] 297，工科调剂? +4 河南农业大学-能 2026-04-14 4/200 2026-04-16 22:52 by wulijun2012
[考研] 300求调剂 +11 橙a777 2026-04-15 11/550 2026-04-16 22:43 by cfdbai
[考研] 307中医考研调剂 +6 于以采蘩 2026-04-14 6/300 2026-04-16 16:20 by qingfeng258
[考研] 药学求调剂 +14 喽哈加油 2026-04-14 16/800 2026-04-16 10:15 by beilsong20
[考研] 求调剂 +11 小聂爱学习 2026-04-11 15/750 2026-04-15 21:57 by noqvsozv
[考研] 食品与营养（0955）271求调剂 +15 升格阿达 2026-04-12 16/800 2026-04-14 13:18 by 浮若_安生
[考研] 245求调剂 +6 冰糖橘?汽水 2026-04-13 10/500 2026-04-14 10:49 by jyl0317
[考研] 085600材料与化工349分求调剂 +16 李木子啊哈哈 2026-04-12 17/850 2026-04-14 09:11 by fenglj492
[考研] 300分求调剂 （085501机械专硕，本科扬大） +9 xu@841019 2026-04-11 10/500 2026-04-14 08:48 by 木木mumu～
[考研] 302求调剂 +10 易！? 2026-04-13 10/500 2026-04-13 19:04 by lbsjt
[考研] 0854调剂 +10 长弓傲 2026-04-11 11/550 2026-04-13 10:38 by wp06
[考研] 339求调剂 +8 hanwudada 2026-04-11 9/450 2026-04-12 15:36 by laoshidan
[考研] 270求调剂 +14 杨乐369 2026-04-11 14/700 2026-04-11 20:16 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿985机械学硕380求调剂 +5 关关雎鸠10 2026-04-11 5/250 2026-04-11 10:10 by 知念。A
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭