应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 请高手指点一下，一个加氢键精修的问题，软件加氢键后运行不了
161/2返回列表12下一页
查看: 2201  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wzgynkmlhf

金虫 (著名写手)

[求助] 请高手指点一下，一个加氢键精修的问题，软件加氢键后运行不了

我已经到加氢键的那一步，我的晶体对称性非常好，空间群是P63/m
在ins中用了
BOND $H
HTAB后
在lst文件中找到氢键
Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   
O1-H1A         0.860    2.338   125.99    2.927    N1 [ -x+y, -x-1, -z+1/2 ]
O1-H1A         0.860    2.338   125.99    2.927    N1 [ -x+y, -x-1, z ]

O1-H1B         0.860    2.306   133.83    2.967    O1W [ x, y-1, z ]
O1-H1B         0.860    2.466   118.18    2.970    N1 [ -y-1, x-y-1, z ]

O1W-H1WA       0.860    2.391   124.82    2.967    O1 [ -x+y, -x-1, -z+1/2 ]
O1W-H1WA       0.860    2.559   136.37    3.237    N1 [ -x+y-1, -x-1, z ]

O1W-H1WB       0.860    2.668   154.35    3.464    N1 [ x-y-1, x, -z ]
然后我按照加氢键的方法
在ins中输入了以下
HTAB O1 N1_$1
HTAB O1 N1_$2
HTAB O1 O1W_$3
HTAB O1 N1_$4
HTAB O1W O1_$5
HTAB O1W N1_$6
HATB O1W N1_$7
EQIV $1 -x+y, -x-1, -z+1/2
EQIV $2 -x+y, -x-1, z
EQIV $3 x, y-1, z
EQIV $4 -y-1, x-y-1, z
EQIV $5 -x+y, -x-1, -z+1/2
EQIV $6 -x+y-1, -x-1, z
EQIV $7 x-y-1, x, -z eqiv $1 -x+y, -x-1, -z+1/2
点击保存，运行Xl
出现错误提示
ATOM NAMES NOT ALLOWED

如果我把上述的htab eqiv行删除再运行Xl ，又可以啦。
不知道问题出在哪里？
请高手指点。
我自己的猜想是，1，是不是因为我的晶体对称性太好了，所以出现氢键有重复的，比如HTAB O1 N1_$1
HTAB O1 N1_$2
2，是不是 我的氢键超出了范围，接近前面的5个接近3，后面的两个大于3


不知道可否不讨论呢？谢谢。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

常识学习

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-11-14 17:10:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gege820530

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
lijunjie84(金币+1): 谢谢回帖交流！ 2011-11-14 20:55:42
$1和$5的对称操作是一样的。改一下试试
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-11-14 17:21:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

knight1014

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
lijunjie84(金币+1): 谢谢回帖交流！ 2011-11-14 20:55:27
wzgynkmlhf(金币+30): 1 2011-11-15 09:05:14
有时候不要贪多，一个一个的来，反而不会出错。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-11-14 18:35:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wzgynkmlhf

金虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by knight1014 at 2011-11-14 18:35:12:
有时候不要贪多，一个一个的来，反而不会出错。

我这里是算氢键啊，应该是一起的啊。难道是说加氢一个一个来吗？谢谢
赞一下 回复此楼
4楼2011-11-14 19:56:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yytsnake

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
lijunjie84(金币+1): 谢谢回帖交流！ 2011-11-14 20:55:12
先加eqiv命令，再加HTAB
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-11-14 20:43:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★
drg1984(金币+1): 欢迎来晶体版发帖交流问题！ 2011-11-14 21:10:43
对称代码最好xp中找找看 lst的不一定准确
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-11-14 20:58:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nanjiao_12

铁杆木虫 (著名写手)

Patience
好帖，我也来学习学习！
赞一下 回复此楼
坚持！
7楼2011-11-14 22:42:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wzgynkmlhf

金虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by yytsnake at 2011-11-14 20:43:49:
先加eqiv命令，再加HTAB

我试了很多次了，无论是htab 在前还是在后，或是交叉，都不行哦。谢谢。
赞一下 回复此楼
8楼2011-11-15 09:04:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wzgynkmlhf

金虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by huahua1216 at 2011-11-14 20:58:09:
对称代码最好xp中找找看 lst的不一定准确

能指点一下吗？如何在XP中找对称码？我以前没有试过。
赞一下 回复此楼
9楼2011-11-15 09:05:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)
★
drg1984(金币+1): 感谢您的建议和帮助！ 2011-11-15 10:12:20
引用回帖:
9楼: Originally posted by wzgynkmlhf at 2011-11-15 09:05:00:
能指点一下吗？如何在XP中找对称码？我以前没有试过。

简单说下
例如：O1-H1...N1
在xp中ENVI H1 2
会出现H1周围的很多原子，找到距离成氢键的N1
看看它的对称代码是什么 eg 1565
然后symm 会出现结构的对称代码 eg 1555  x y z
N1的对称代码就是x y+1 z
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2011-11-15 09:08:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wzgynkmlhf 的主题更新
161/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 5lbyq5wrhb 2026-02-07 4/200 2026-02-08 08:47 by vs90ilomwc
[考博] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 5lbyq5wrhb 2026-02-07 4/200 2026-02-08 08:46 by vs90ilomwc
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 3rkserf6qr 2026-02-07 5/250 2026-02-08 08:32 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 3rkserf6qr 2026-02-07 4/200 2026-02-08 08:27 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +5 2h7du0nuhk 2026-02-07 6/300 2026-02-08 08:26 by vs90ilomwc
[考博] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +5 2h7du0nuhk 2026-02-07 6/300 2026-02-08 08:12 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 6/300 2026-02-08 08:07 by vs90ilomwc
[考博] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 7/350 2026-02-08 08:06 by vs90ilomwc
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 7/350 2026-02-08 07:52 by vs90ilomwc
[找工作] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 7/350 2026-02-08 07:46 by vs90ilomwc
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 8/400 2026-02-08 07:32 by vs90ilomwc
[考博] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 8/400 2026-02-08 07:27 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 8/400 2026-02-08 07:07 by vs90ilomwc
[硕博家园] 博士延得我，科研能力直往上蹿 +8 偏振片 2026-02-02 8/400 2026-02-08 06:52 by liyeqik
[教师之家] 有院领导为了换新车，用横向课题经费买了俩车 +7 瞬息宇宙 2026-02-04 7/350 2026-02-07 21:47 by tfang
[有机交流] 酰胺脱乙酰基 10+5 chibby 2026-02-03 12/600 2026-02-07 19:29 by 江东闲人
[基金申请] 同年申请2项不同项目，第1个项目里不写第2个项目的信息，可以吗 +4 hitsdu 2026-02-06 4/200 2026-02-07 13:07 by jurkat.1640
[基金申请] 有时候真觉得大城市人没有县城人甚至个体户幸福 +9 苏东坡二世 2026-02-04 10/500 2026-02-07 12:37 by 小毛球
[基金申请] 面上项目申报 +3 Tide man 2026-02-01 3/150 2026-02-05 22:56 by god_tian
[教师之家] 遇见不省心的家人很难过 +18 otani 2026-02-03 22/1100 2026-02-04 11:06 by tangmnt
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭