24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1102  |  回复: 6

baiyuefei

版主 (文学泰斗)

风雪

优秀版主优秀版主优秀版主文献杰出贡献优秀版主优秀版主优秀版主文献杰出贡献优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主文献杰出贡献优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主

[求助] 请教氢键问题?金币不是问题可再加,帮帮忙啊

2个月前投了个Journal of Molecular Structure,今返回让大修。氢键处有些问题。在文章中我写的氢键表(Platon计算)如下:
D-H…A        d(D-H)                         d(H…A)        d(D…A)         <(DHA)       
C(22)-H(22)…O(2)i        0.93          2.52        3.428(9)        165.9
C(11)-H(11)…N(3)        0.98          2.38        2.968(5)        117.8
C(28)-H(28A)…pi(benzene ring)  2.786       

请问1我这个晶体中是否存在的这三个作用力呢?请准确回答。是不是不存在啊?我自己都不敢确定。我该怎么回答审稿人的问题啊。本人非晶体专业,麻烦各位朋友了,金币不够可再加,先谢谢大家 (最后统一发放)
   
审稿人关于氢键提出的问题如下:
(1)Characterization of non-covalent interactions. Authors should also provide more arguments on why they think that CH…N bond with almost 3 Å length is a strong one ("There is a strong intramolecular hydrogen bond, C(11)-H(11)…N(3) forming a six-membered ring.". This interaction is commonly believed to be a weak one. This would be also interesting if authors can do some computational investigation to estimate the energy of this bond in order to classify its strength. To evaluate CH…N and CH… non-covalent interaction authors might consider using Natural Bonds Orbitals (NBO) [4] and/or Atoms in Molecule (AIM) [5] approaches. Author suggested that C-H… interaction plays stabilization role. Authors should provide bond length criteria for this type of bond. They might use the results of recent analysis of 1154 proteins from PDB bank [6] work to support their statement about this type of interaction.
(2)Amide bond C-N. "The corresponding distances of C(23)-N(2) at the optimized geometry in two molecules are 1.378 Å, 1.382 Å respectively which are also shorter than the normally experimental C-N single bond length". This sentence is misleading since C-N bond in non-aromatic amides is aprox. 1.325-1.346 Å [7] and it is shorter due to n?* delocalization from nitrogen to C=O bond.


我的晶体所说有数据在下面的即得网盘里:
https://good.gd/1284907.htm
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
2楼2011-06-14 12:48:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yinguojie

铜虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

baiyuefei(金币+20): 2011-06-21 12:00:50
你做的是有机上的东西吧

最好能把CIF 或RES文件传上来 才容易看清楚

审稿人的大概意思我理解为
1. C(11)-H(11)…N(3) 键太短,只有3A,你看下晶体结构是否有别的作用力的推动或者干扰
2.  C(23)-N(2)键太短 也是需要你做出解释

因为具体的结构看不到 只能说这么多了,一般来说 原子半径或者原子之间的距离,在解结构的时候都有一定的范围
你最好去问下当时结晶体的人,看看是怎么说的
勤勉之~~
3楼2011-06-14 15:20:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

baiyuefei

版主 (文学泰斗)

风雪

优秀版主优秀版主优秀版主文献杰出贡献优秀版主优秀版主优秀版主文献杰出贡献优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主文献杰出贡献优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主

引用回帖:
Originally posted by yinguojie at 2011-06-14 15:20:21:
你做的是有机上的东西吧

最好能把CIF 或RES文件传上来 才容易看清楚

审稿人的大概意思我理解为
1. C(11)-H(11)…N(3) 键太短,只有3A,你看下晶体结构是否有别的作用力的推动或者干扰
2.  C(23)-N(2)键太 ...

晶体的所有文件都在我的帖子最下面的网盘里啊,麻烦高手帮帮我啊
4楼2011-06-14 15:38:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)

我觉得编辑的意思是CH...N氢键不算很强吧 虽然距离很近 但是角度很大 另外那个计算我却是不很清楚 等待...
5楼2011-06-14 17:40:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

baiyuefei

版主 (文学泰斗)

风雪

优秀版主优秀版主优秀版主文献杰出贡献优秀版主优秀版主优秀版主文献杰出贡献优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主文献杰出贡献优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主

引用回帖:
Originally posted by huahua1216 at 2011-06-14 17:40:19:
我觉得编辑的意思是CH...N氢键不算很强吧 虽然距离很近 但是角度很大 另外那个计算我却是不很清楚 等待...

我把CH...N氢键写成强健了,那我该怎么修改呢,把这个氢键直接删掉还是我改写成是弱氢键呢,因为氢键角差的太多了呢?
6楼2011-06-14 17:51:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lijunjie84

版主 (职业作家)

隐者

优秀版主

【答案】应助回帖

baiyuefei(金币+10): 2011-06-21 12:01:29
你解释下两个问题就可以了,由什么造成的。我投了篇,直接接受了,一个月的样子,楼主好运啊!
7楼2011-06-15 21:12:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 baiyuefei 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 320分人工智能调剂 +8 振—TZ 2026-04-03 8/400 2026-04-05 22:33 by 范式思维
[考研] 生物与医药273求调剂 +5 荔题南墙 2026-04-05 5/250 2026-04-05 22:04 by imissbao
[考研] 材料专硕(0856) 339分求调剂 +10 哈哈哈鹅哈哈哈 2026-04-04 10/500 2026-04-05 18:51 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿西北农林畜牧专硕336分求调剂 +3 5ourr 2026-04-03 3/150 2026-04-05 10:40 by JOKER0401
[考研] 070300化学学硕311分求调剂 +10 梁富贵险中求 2026-04-04 12/600 2026-04-05 09:37 by guoweigw
[考研] 313求调剂 +3 海日海日 2026-04-04 3/150 2026-04-05 07:48 by 544594351
[考研] 290求调剂 +7 luoziheng 2026-04-04 7/350 2026-04-04 23:17 by lqwchd
[考研] 341求调剂 +3 洛多罗 2026-04-02 4/200 2026-04-04 21:36 by 智能智慧
[考研] 321求调剂 +13 认真求上学 2026-04-02 13/650 2026-04-04 18:23 by macy2011
[考研] 282求调剂 +20 ycy1201 2026-04-01 22/1100 2026-04-04 00:42 by userper
[考研] 288求调剂 一志愿哈工大 材料与化工 +39 洛神哥哥 2026-03-31 41/2050 2026-04-03 21:51 by qlm5820
[考研] 求调剂 +4 压力??大 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:36 by 啵啵啵0119
[考研] 289-求调剂 +4 这里是_ 2026-04-03 4/200 2026-04-03 14:23 by 1753564080
[考研] 调剂 +3 osbbx 2026-04-02 3/150 2026-04-03 07:47 by cc8418
[考研] 08工科求调剂290分 +5 1314捧花 2026-04-02 8/400 2026-04-02 13:16 by 乔哒哒哒
[考研] 314求调剂 +11 1xiaojun23 2026-03-31 12/600 2026-04-02 12:31 by 1xiaojun23
[考研] 307分求调剂 +14 (o~o) 2026-03-31 15/750 2026-04-01 20:43 by longlotian
[考研] 070300化学专业279调剂 +10 哈哈哈^_^ 2026-03-31 10/500 2026-03-31 23:13 by liu823948201
[考研] 一志愿大连理工大学,机械工程学硕,341 +3 西瓜田的守望者 2026-03-30 3/150 2026-03-31 11:08 by asdfzly
[考研] 085601一志愿西北工业大学初试346 +4 085601初试346 2026-03-30 4/200 2026-03-31 07:47 by jp9609
信息提示
请填处理意见