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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 请教氢键问题？金币不是问题可再加，帮帮忙啊
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baiyuefei

版主 (文学泰斗)

风雪

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[求助] 请教氢键问题？金币不是问题可再加，帮帮忙啊

2个月前投了个Journal of Molecular Structure，今返回让大修。氢键处有些问题。在文章中我写的氢键表（Platon计算）如下：
D-H…A        d(D-H)                         d(H…A)        d(D…A)         <(DHA)       
C(22)-H(22)…O(2)i        0.93          2.52        3.428(9)        165.9
C(11)-H(11)…N(3)        0.98          2.38        2.968(5)        117.8
C(28)-H(28A)…pi(benzene ring)  2.786       

请问1我这个晶体中是否存在的这三个作用力呢？请准确回答。是不是不存在啊？我自己都不敢确定。我该怎么回答审稿人的问题啊。本人非晶体专业，麻烦各位朋友了，金币不够可再加，先谢谢大家 （最后统一发放）
   
审稿人关于氢键提出的问题如下：
（1）Characterization of non-covalent interactions. Authors should also provide more arguments on why they think that CH…N bond with almost 3 Å length is a strong one ("There is a strong intramolecular hydrogen bond, C(11)-H(11)…N(3) forming a six-membered ring.". This interaction is commonly believed to be a weak one. This would be also interesting if authors can do some computational investigation to estimate the energy of this bond in order to classify its strength. To evaluate CH…N and CH… non-covalent interaction authors might consider using Natural Bonds Orbitals (NBO) [4] and/or Atoms in Molecule (AIM) [5] approaches. Author suggested that C-H… interaction plays stabilization role. Authors should provide bond length criteria for this type of bond. They might use the results of recent analysis of 1154 proteins from PDB bank [6] work to support their statement about this type of interaction.
（2）Amide bond C-N. "The corresponding distances of C(23)-N(2) at the optimized geometry in two molecules are 1.378 Å, 1.382 Å respectively which are also shorter than the normally experimental C-N single bond length". This sentence is misleading since C-N bond in non-aromatic amides is aprox. 1.325-1.346 Å [7] and it is shorter due to n?* delocalization from nitrogen to C=O bond.


我的晶体所说有数据在下面的即得网盘里：
https://good.gd/1284907.htm
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1楼 2011-06-14 12:34:50
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lijunjie84

版主 (职业作家)

隐者

优秀版主

【答案】应助回帖

baiyuefei(金币+10): 2011-06-21 12:01:29
你解释下两个问题就可以了，由什么造成的。我投了篇，直接接受了，一个月的样子，楼主好运啊！
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7楼2011-06-15 21:12:59
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yinguojie

铜虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

baiyuefei(金币+20): 2011-06-21 12:00:50
你做的是有机上的东西吧

最好能把CIF 或RES文件传上来 才容易看清楚

审稿人的大概意思我理解为
1. C(11)-H(11)…N(3) 键太短，只有3A，你看下晶体结构是否有别的作用力的推动或者干扰
2.  C(23)-N(2)键太短 也是需要你做出解释

因为具体的结构看不到 只能说这么多了，一般来说 原子半径或者原子之间的距离，在解结构的时候都有一定的范围
你最好去问下当时结晶体的人，看看是怎么说的
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勤勉之~~
3楼2011-06-14 15:20:21
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baiyuefei

版主 (文学泰斗)

风雪

优秀版主优秀版主优秀版主文献杰出贡献优秀版主优秀版主优秀版主文献杰出贡献优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主文献杰出贡献优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主
引用回帖:
Originally posted by yinguojie at 2011-06-14 15:20:21:
你做的是有机上的东西吧

最好能把CIF 或RES文件传上来 才容易看清楚

审稿人的大概意思我理解为
1. C(11)-H(11)…N(3) 键太短，只有3A，你看下晶体结构是否有别的作用力的推动或者干扰
2.  C(23)-N(2)键太 ...

晶体的所有文件都在我的帖子最下面的网盘里啊，麻烦高手帮帮我啊
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4楼2011-06-14 15:38:08
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)
我觉得编辑的意思是CH...N氢键不算很强吧 虽然距离很近 但是角度很大 另外那个计算我却是不很清楚 等待...
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5楼2011-06-14 17:40:19
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