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chw217

木虫 (正式写手)

[求助] MS discover求助 已有1人参与

用discover做离子在矿物表面的动力学模拟。
按照help实例进行
1.对表面分配力场、删除化学键，然后运行minimizer
2.把离子粘到矿物表面，dynamic，出现了如下问题。
MS discover求助
然后，对整个体系重新分配力场，但是问题又来了
MS discover求助-1
求高手解答。另外，我的离子是Pb，是不是没有对应的力场。
MS discover求助-2
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1楼 2014-05-30 16:40:01
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
参见MS help文档 Discover的tutorials: Forcefield typing in metal oxides，该教程中讲解了问题出现的原因，以及解决的方法。


Forcefield typing uses predefined rules to assign a type to each atom in the structure. For example, a carbon atom in a benzene ring has a different forcefield type to that of one in an alkyl chain, as it will have different preferred geometric and energetic properties associated with it. When atoms are forcefield typed, the carbon atom in the benzene ring will be classified as c3a, whereas that in the chain will be c4. Typing the atoms allows the correct forcefield parameters to be used in determining the energies and forces for your particular system.

Usually, forcefield typing is performed automatically by Discover using the general rules of the typing engine, so manual forcefield typing is not required. However, in certain cases, one has to forcefield type the atoms manually to ensure they are set correctly.

In the case of ionic structures such as metal oxides, the bonds between the metal and the oxygen atoms are primarily ionic. This means that the concept of a covalent bond is not applicable to these structures and the bond must be deleted for the calculation to proceed. Conversely, the atoms must be bonded so that the forcefield typing engine can detect the environment of the atoms to predict the typing correctly. In these situations, you should use the typing engine in Discover to type the atoms and then remove the bonds before any calculations can be performed. Otherwise, Discover will look for bond parameters which do not exist.
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2楼2014-05-30 20:27:06
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chw217

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-05-30 20:27:06
参见MS help文档 Discover的tutorials: Forcefield typing in metal oxides，该教程中讲解了问题出现的原因，以及解决的方法。


Forcefield typing uses predefined rules to assign a type to each atom in th ...

不知道，我的理解对不对。
按照help所说，对于非金属氧化物等非共价体系，要先赋予力场，再删除化学键进行计算。
先说说，我上面的步骤：
1，晶体为金红石TiO2,先进行切面，然后discover/typing赋予compass力场，删除化学键。
2，discover/minimizer,然后建立超晶胞
3，把Pb（OH）2放到晶体表面，dynamic。然后就出现了如上错误。
那么，错误是不是应为没有对Pb（OH）2赋予力场？
然后，问题又来了。直接对整体赋予力场出现如下错误：
MS discover求助-3
然后，我又重新来，重建晶体表面的化学键，对整体重新赋予力场。结果只有一个原子没有被赋予力场。Pb原子。
MS discover求助-4
这是什么原因呢？是不是Pb不适用于compass力场？
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3楼2014-05-30 22:13:00
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