| 查看: 1014 | 回复: 2 | ||
[求助]
要做两、三个分子之间相互作用的核磁计算，我这样的理解、操作有没有问题？
|
|
初入小木虫不久，金币不多，已是全部身家，真是过意不去。。接触量化一个多月，会做单点计算、小分子计算，看了些手册和版块里的FAQ，仍然有些不解。 导师让做，当POA这个药物和Arg精氨酸拉近的时候，通过gaussian计算它们化学位移的变化。目的是与POA和Arg的核磁滴定实验数据有个比较。 【疑惑1：我不知道输入文件如何编写来表达两个分子互相靠近这个过程】于是按自己理解，在chem3D上绘出这两个分子，并MM2简单优化：  【疑惑2：但如果改变它们的相互位置，空间位阻、坐标不就完全不一样吗？只取其中一个进行计算会不会影响我想要的结果？】  导出它们的C坐标（据说C坐标做几何优化耗时最长，但因为这是将近40个原子的分子，导出C坐标操作简单点。具体几何优化需要哪种坐标我也没有明确的认知）。 编写输入文件如下： %nproc=4 # MP2/6-31G(d) OPT TEST POA and ARG MP2/6-31G(d) OPT 0 1 C1 -6.9230 -0.8592 0.6561 C2 -7.1050 -2.1455 1.2048 N3 -6.0806 -2.9489 1.4563 C4 -4.8692 -2.4582 1.1544 C5 -4.6705 -1.1807 0.6090 N6 -5.7248 -0.3806 0.3639 C7 -3.2923 -0.6954 0.3100 O8 -3.0493 0.5618 -0.1152 H9 -2.0829 0.6414 -0.1840 O10 -2.3316 -1.4409 0.4600 N11 -0.4577 0.2737 1.4511 H12 -0.1853 -0.1718 2.3262 H13 -0.7703 -0.4898 0.8500 C14 0.6667 1.0069 0.8501 H15 1.0497 1.7130 1.6257 C16 0.1687 1.7930 -0.3471 C17 1.7818 0.0204 0.4644 H18 1.3987 -0.6906 -0.3054 H19 2.0615 -0.5853 1.3596 O20 0.4933 3.0965 -0.2794 H21 0.1384 3.4972 -1.0904 O22 -0.4466 1.3357 -1.2802 C23 3.0345 0.7355 -0.0682 H24 3.4226 1.4321 0.7130 H25 2.7692 1.3515 -0.9599 C26 4.1458 -0.2470 -0.4664 H27 3.7731 -0.9149 -1.2777 H28 4.4519 -0.8555 0.4164 N29 5.3325 0.4823 -0.9550 H30 5.3901 1.5289 -0.9174 C31 6.3789 -0.2477 -1.4965 N32 6.3431 -1.6301 -1.5371 H33 7.1530 -2.1549 -1.9500 H34 5.5189 -2.1552 -1.1579 N35 7.4295 0.3781 -1.9673 H36 8.1119 -0.2927 -2.3262 H37 -4.0218 -3.1285 1.3691 H38 -8.1120 -2.5225 1.4430 H39 -7.7872 -0.2066 0.4546 是在LINUX系统和STERM终端下进行计算的。之前分别算过POA和Arg的OPT和NMR，很快。但是这次已经超过12小时了还没有结果。很担心没法收敛，就像我疑惑2里的，任何一种相对位置都会出现一种不同的结果，会不会因此没法收敛？或者别的什么问题？望大神指出！ 【疑问3：输入什么命令可以查看计算情况和预计计算时间？】 |
回复此楼» 猜你喜欢
国家级人才团体课题组招收2026届化学类学硕，专硕。
已经有1人回复
-
河南理工大学绿色催化课题组招收材料，化工，化学等方向研究生
已经有0人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有278人回复
-
国家级人才课题组招研究生 （催化方向）调剂
已经有13人回复
-
苏州科技大学 物理学专业 接收调剂生
已经有0人回复
-
[天津]中国民航大学 招收材料类研究生
已经有0人回复
-
国家大人才课题组招收化学、材料化工类2026年调剂生
已经有0人回复
-
苏州科技大学 物理学专业 接收调剂生
已经有0人回复
-
浙师大化与材学院2026年有大量硕士研究生调剂名额 （线上 调剂）
已经有7人回复
-
高效微纳米储能材料与产业化推进实验室 苏州 招收硕士研究生（含调剂）
已经有0人回复
-
吉林工程技术师范学院 材料与化工 （0856） 招收调剂
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请问分子A和B存在弱的氢键作用力，这种弱的氢键作用力在核磁中能有明显的位移变化吗？
已经有4人回复
- 亚精胺--做有机的核磁大神们--求救啊--为什么核磁做出来会是这样的结果---求解答啊！
已经有9人回复
- 小弟想做一下亚精胺的液体核磁谱图（H谱)--但是分子量太小了---取多少量合适呢？
已经有11人回复
- 如何计算聚合物与小分子之间的作用力大小
已经有5人回复
- 紧急求助 如何知道两个分子之间是否有相互作用，用什么软件或仪器能得到！
已经有8人回复
- 怎么用核磁测目标产物的含量
已经有27人回复
- 请问我要计算两个分子之间的相互作用，我想固定其中一个分子
已经有8人回复
- 测试小分子与胶束相互作用的手段
已经有6人回复
- 关于不可混溶组分的分子间作用力
已经有11人回复
- 核磁共振氢谱显示该分子中有3个甲基，且有三种不同环境的氢原子，求结构简式。
已经有3人回复
- 两分子之间弱相互作用力（范德华力）模拟
已经有5人回复
- 【求助】(悬赏50金币)请教几个高化问题
已经有20人回复
- 【推荐】973 三维培养干细胞自我更新与定向分化的调控网络
已经有9人回复
- 【求助】用ms计算两个分子的相互作用势
已经有20人回复
- 【讨论】如何计算两分子间的有效相互作用力
已经有12人回复
2楼2014-05-23 14:32:35
匿名
用户注销 (正式写手)
钻石
- 应助: 11 (小学生)
- 金币: 4148.8
- 散金: 20
- 红花: 136
- 帖子: 493
- 在线: 153.5小时
- 虫号: 0
- 注册: 2013-04-30
- 性别: MM
- 专业: 生物大分子结构与功能
3楼2015-10-29 13:41:58
