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要做两、三个分子之间相互作用的核磁计算，我这样的理解、操作有没有问题？
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初入小木虫不久，金币不多，已是全部身家，真是过意不去。。接触量化一个多月，会做单点计算、小分子计算，看了些手册和版块里的FAQ，仍然有些不解。 导师让做，当POA这个药物和Arg精氨酸拉近的时候，通过gaussian计算它们化学位移的变化。目的是与POA和Arg的核磁滴定实验数据有个比较。 【疑惑1：我不知道输入文件如何编写来表达两个分子互相靠近这个过程】于是按自己理解，在chem3D上绘出这两个分子，并MM2简单优化：  【疑惑2：但如果改变它们的相互位置，空间位阻、坐标不就完全不一样吗？只取其中一个进行计算会不会影响我想要的结果？】  导出它们的C坐标（据说C坐标做几何优化耗时最长，但因为这是将近40个原子的分子，导出C坐标操作简单点。具体几何优化需要哪种坐标我也没有明确的认知）。 编写输入文件如下： %nproc=4 # MP2/6-31G(d) OPT TEST POA and ARG MP2/6-31G(d) OPT 0 1 C1 -6.9230 -0.8592 0.6561 C2 -7.1050 -2.1455 1.2048 N3 -6.0806 -2.9489 1.4563 C4 -4.8692 -2.4582 1.1544 C5 -4.6705 -1.1807 0.6090 N6 -5.7248 -0.3806 0.3639 C7 -3.2923 -0.6954 0.3100 O8 -3.0493 0.5618 -0.1152 H9 -2.0829 0.6414 -0.1840 O10 -2.3316 -1.4409 0.4600 N11 -0.4577 0.2737 1.4511 H12 -0.1853 -0.1718 2.3262 H13 -0.7703 -0.4898 0.8500 C14 0.6667 1.0069 0.8501 H15 1.0497 1.7130 1.6257 C16 0.1687 1.7930 -0.3471 C17 1.7818 0.0204 0.4644 H18 1.3987 -0.6906 -0.3054 H19 2.0615 -0.5853 1.3596 O20 0.4933 3.0965 -0.2794 H21 0.1384 3.4972 -1.0904 O22 -0.4466 1.3357 -1.2802 C23 3.0345 0.7355 -0.0682 H24 3.4226 1.4321 0.7130 H25 2.7692 1.3515 -0.9599 C26 4.1458 -0.2470 -0.4664 H27 3.7731 -0.9149 -1.2777 H28 4.4519 -0.8555 0.4164 N29 5.3325 0.4823 -0.9550 H30 5.3901 1.5289 -0.9174 C31 6.3789 -0.2477 -1.4965 N32 6.3431 -1.6301 -1.5371 H33 7.1530 -2.1549 -1.9500 H34 5.5189 -2.1552 -1.1579 N35 7.4295 0.3781 -1.9673 H36 8.1119 -0.2927 -2.3262 H37 -4.0218 -3.1285 1.3691 H38 -8.1120 -2.5225 1.4430 H39 -7.7872 -0.2066 0.4546 是在LINUX系统和STERM终端下进行计算的。之前分别算过POA和Arg的OPT和NMR，很快。但是这次已经超过12小时了还没有结果。很担心没法收敛，就像我疑惑2里的，任何一种相对位置都会出现一种不同的结果，会不会因此没法收敛？或者别的什么问题？望大神指出！ 【疑问3：输入什么命令可以查看计算情况和预计计算时间？】 |
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