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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 请问我要计算两个分子之间的相互作用，我想固定其中一个分子
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woxiangfei

木虫 (文坛精英)

[求助] 请问我要计算两个分子之间的相互作用，我想固定其中一个分子

请问我要计算两个分子之间的相互作用，我想固定其中一个分子，请问在优化结构时该如何输入呀？
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1楼 2012-03-04 14:57:16
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回帖置顶 ( 共有1个 )

xuhu_11

金虫 (职业作家)
woxiangfei: 回帖置顶 2012-03-05 17:11:13
那就么有办法了。
可以用较笨的办法，在GV-edit-atom selection-expand selection，利用滑块看看你需要固定的原子号，在editplus软件中对应直接改gjf文件了，固定时在待固定直角坐标前添-1，即可
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千万别考博！
5楼2012-03-05 16:37:19
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普通回帖

xiemin8761

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990(金币+2): 2012-03-04 21:09:17
woxiangfei(金币+20): ★★★很有帮助 呵呵，谢谢啦 2012-03-05 12:44:14
如果是用Gaussview的话。Edit->Redundant Corrdinate->左上角add->点选固定的原子->下面选择固定的元素(坐标...)->Ok
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2楼2012-03-04 16:43:07
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woxiangfei

木虫 (文坛精英)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xiemin8761 at 2012-03-04 16:43:07:
如果是用Gaussview的话。Edit->Redundant Corrdinate->左上角add->点选固定的原子->下面选择固定的元素(坐标...)->Ok

但这样只能每次选择一个原子呀，能不能一下子选择一个分子呢？
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3楼2012-03-05 12:56:30
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xiemin8761

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
woxiangfei(金币+2): 呵呵，谢谢啦 2012-03-08 20:40:19
试试用ctrl+点击你所选的原子看看行不行，我没试过
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4楼2012-03-05 15:02:55
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woxiangfei

木虫 (文坛精英)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xuhu_11 at 2012-03-05 16:37:19:
那就么有办法了。
可以用较笨的办法，在GV-edit-atom selection-expand selection，利用滑块看看你需要固定的原子号，在editplus软件中对应直接改gjf文件了，固定时在待固定直角坐标前添-1，即可

我按照您的方法做了，怎么优化时候我想固定的怎么还在动呀。我想固定住这个分子让它作为机体，看其他分子在它上面的吸附情况。但怎么会动呢，还有就是我怎么给您评分呢！
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6楼2012-03-05 17:40:39
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xuhu_11

金虫 (职业作家)
那再用关键词modredundant,输入文件后用n F(n是待冻结原子号)，坐标必须是内坐标，试试看-
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千万别考博！
7楼2012-03-06 09:04:28
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qyyos

木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by xuhu_11 at 2012-03-06 09:04:28:
那再用关键词modredundant,输入文件后用n F(n是待冻结原子号)，坐标必须是内坐标，试试看-

冻结原子的这种计算，笛卡尔坐标不可以么？？为什么？能解释一下么？我也在纠结这个问题
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心有猛虎,细嗅蔷薇.
8楼2012-03-06 09:34:00
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hrbj999

木虫 (正式写手)

硕士研究生
学习了！
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believe in yourself !
9楼2012-03-06 11:00:53
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