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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 如何用dmol3计算两个分子相互作用。
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Illusionist

银虫 (正式写手)

[求助] 如何用dmol3计算两个分子相互作用。

想要计算两个含有苯环的平面结构的有机分子相互作用
结果发现两个分子靠近后总能量并没有减少。
不知道是哪里设置有问题。
难道和对称性有关么？还是什么
急需求解！
不胜感激。

距离3.3A左右
使用的是MS5.5  DMOL3模块。
首先进行了几何优化：
# Task parameters
Calculate                     optimize
Opt_energy_convergence        1.0000e-005
Opt_gradient_convergence      2.0000e-003 A
Opt_displacement_convergence  5.0000e-003 A
Opt_iterations                50
Opt_max_displacement          0.3000 A
Initial_hessian               improved
Symmetry                      on
Max_memory                    2048

# Electronic parameters
Spin_polarization             restricted
Charge                        0
Basis                         dnp
Pseudopotential               none
Functional                    gga(p91)
Aux_density                   octupole
Integration_grid              fine
Occupation                    fermi
Cutoff_Global                 3.7000 angstrom
Scf_density_convergence       1.0000e-006
Scf_charge_mixing             0.2000
Scf_iterations                50
Scf_diis                      6 pulay

# Print options
Print                         eigval_last_it

# Calculated properties

然后计算能量

# Task parameters
Calculate                     energy
Symmetry                      on
Max_memory                    2048

# Electronic parameters
Spin_polarization             restricted
Charge                        0
Basis                         dnp
Pseudopotential               none
Functional                    pwc
Harris                        off
Aux_density                   octupole
Integration_grid              fine
Occupation                    fermi
Cutoff_Global                 3.7000 angstrom
Scf_density_convergence       1.0000e-006
Scf_charge_mixing             0.2000
Scf_iterations                50
Scf_diis                      6 pulay

# Print options
Print                         eigval_last_it

# Calculated properties

结果显示，
单个分子的总能量：
Energy components:
   Sum of atomic energies =    -1195.7413022Ha
                  Kinetic =      -12.9964458Ha
            Electrostatic =       -0.8916723Ha
     Exchange-correlation =        3.0765993Ha
        Spin polarization =        2.0531628Ha
两个分子的总能量：
Energy components:
   Sum of atomic energies =    -2391.4826044Ha
                  Kinetic =      -25.1271925Ha
            Electrostatic =       -2.6622324Ha
     Exchange-correlation =        6.1452670Ha
        Spin polarization =        4.1063257Ha
这样一来，两个分子的总能量并没有减少，就好象这两个分子并没有作用一样。
不知道怎么回事？
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1楼 2011-09-29 08:32:27
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redskywei

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-09-29 10:29:55
Illusionist(金币+1): 2011-09-29 14:46:47
3.3A的距离是范德华力作用范围吧，这种力第一性原理的计算效果本来就不好。dmol3估计更加不行了。要不你试试castep吧。
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坠入无边的网~~
2楼2011-09-29 09:56:00
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Illusionist

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by redskywei at 2011-09-29 09:56:00:
3.3A的距离是范德华力作用范围吧，这种力第一性原理的计算效果本来就不好。dmol3估计更加不行了。要不你试试castep吧。

单算这两个分子的作用·
没有周期结构
castep好像算不了啊······
我看文献这个E（总的）-2*E（单个）=15Kj/mol左右
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3楼2011-09-29 10:02:58
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redskywei

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-09-29 10:30:04
Illusionist(金币+1): 2011-09-29 14:46:53
引用回帖:
3楼: Originally posted by Illusionist at 2011-09-29 10:02:58:
单算这两个分子的作用·
没有周期结构
castep好像算不了啊······
我看文献这个E（总的）-2*E（单个）=15Kj/mol左右

castep 里你建立超胞就可以了啊。先把单分子放在一个大超胞里算完后，再把两个放进去。
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坠入无边的网~~
4楼2011-09-29 10:16:50
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Illusionist

银虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by redskywei at 2011-09-29 10:16:50:
castep 里你建立超胞就可以了啊。先把单分子放在一个大超胞里算完后，再把两个放进去。

有道理啊····
我试一试
一般而言，计算分子间的作用力也是这样算的么？
我说的是，有几个苯环这么大的有机物

DMOL3不使用周期结构计算和使用周期结构
会不会有什么不一样啊，好像
只要超胞足够大就结果就会一样，但是实际上是不是呢·····
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5楼2011-09-29 10:32:21
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redskywei

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-09-29 13:22:57
Illusionist(金币+1): 2011-09-29 14:46:58
Illusionist(金币+3): 2011-09-30 09:07:35
你问的我不知道怎么答了。建议你多看看相关文献吧。
DMOL3的使用周期与否的区别，自己算算不就知道了。我没算过。其实就算castep对分子间范德华力的描述也是不够的。最好描述都是自己写的程序，加入特别考虑足够。还是建议你看看文献。
赞一下(1人) 回复此楼
坠入无边的网~~
6楼2011-09-29 10:57:12
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