应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 如何用dmol3计算两个分子相互作用。
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
61/1返回列表
查看: 2271  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

Illusionist

银虫 (正式写手)

[求助] 如何用dmol3计算两个分子相互作用。

想要计算两个含有苯环的平面结构的有机分子相互作用
结果发现两个分子靠近后总能量并没有减少。
不知道是哪里设置有问题。
难道和对称性有关么？还是什么
急需求解！
不胜感激。

距离3.3A左右
使用的是MS5.5  DMOL3模块。
首先进行了几何优化：
# Task parameters
Calculate                     optimize
Opt_energy_convergence        1.0000e-005
Opt_gradient_convergence      2.0000e-003 A
Opt_displacement_convergence  5.0000e-003 A
Opt_iterations                50
Opt_max_displacement          0.3000 A
Initial_hessian               improved
Symmetry                      on
Max_memory                    2048

# Electronic parameters
Spin_polarization             restricted
Charge                        0
Basis                         dnp
Pseudopotential               none
Functional                    gga(p91)
Aux_density                   octupole
Integration_grid              fine
Occupation                    fermi
Cutoff_Global                 3.7000 angstrom
Scf_density_convergence       1.0000e-006
Scf_charge_mixing             0.2000
Scf_iterations                50
Scf_diis                      6 pulay

# Print options
Print                         eigval_last_it

# Calculated properties

然后计算能量

# Task parameters
Calculate                     energy
Symmetry                      on
Max_memory                    2048

# Electronic parameters
Spin_polarization             restricted
Charge                        0
Basis                         dnp
Pseudopotential               none
Functional                    pwc
Harris                        off
Aux_density                   octupole
Integration_grid              fine
Occupation                    fermi
Cutoff_Global                 3.7000 angstrom
Scf_density_convergence       1.0000e-006
Scf_charge_mixing             0.2000
Scf_iterations                50
Scf_diis                      6 pulay

# Print options
Print                         eigval_last_it

# Calculated properties

结果显示，
单个分子的总能量：
Energy components:
   Sum of atomic energies =    -1195.7413022Ha
                  Kinetic =      -12.9964458Ha
            Electrostatic =       -0.8916723Ha
     Exchange-correlation =        3.0765993Ha
        Spin polarization =        2.0531628Ha
两个分子的总能量：
Energy components:
   Sum of atomic energies =    -2391.4826044Ha
                  Kinetic =      -25.1271925Ha
            Electrostatic =       -2.6622324Ha
     Exchange-correlation =        6.1452670Ha
        Spin polarization =        4.1063257Ha
这样一来，两个分子的总能量并没有减少，就好象这两个分子并没有作用一样。
不知道怎么回事？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-09-29 08:32:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

redskywei

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-09-29 10:29:55
Illusionist(金币+1): 2011-09-29 14:46:47
3.3A的距离是范德华力作用范围吧，这种力第一性原理的计算效果本来就不好。dmol3估计更加不行了。要不你试试castep吧。
赞一下(1人) 回复此楼
坠入无边的网~~
2楼2011-09-29 09:56:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Illusionist

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by redskywei at 2011-09-29 09:56:00:
3.3A的距离是范德华力作用范围吧，这种力第一性原理的计算效果本来就不好。dmol3估计更加不行了。要不你试试castep吧。

单算这两个分子的作用·
没有周期结构
castep好像算不了啊······
我看文献这个E（总的）-2*E（单个）=15Kj/mol左右
赞一下 回复此楼
3楼2011-09-29 10:02:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

redskywei

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-09-29 10:30:04
Illusionist(金币+1): 2011-09-29 14:46:53
引用回帖:
3楼: Originally posted by Illusionist at 2011-09-29 10:02:58:
单算这两个分子的作用·
没有周期结构
castep好像算不了啊······
我看文献这个E（总的）-2*E（单个）=15Kj/mol左右

castep 里你建立超胞就可以了啊。先把单分子放在一个大超胞里算完后，再把两个放进去。
赞一下(1人) 回复此楼
坠入无边的网~~
4楼2011-09-29 10:16:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Illusionist

银虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by redskywei at 2011-09-29 10:16:50:
castep 里你建立超胞就可以了啊。先把单分子放在一个大超胞里算完后，再把两个放进去。

有道理啊····
我试一试
一般而言，计算分子间的作用力也是这样算的么？
我说的是，有几个苯环这么大的有机物

DMOL3不使用周期结构计算和使用周期结构
会不会有什么不一样啊，好像
只要超胞足够大就结果就会一样，但是实际上是不是呢·····
赞一下 回复此楼
5楼2011-09-29 10:32:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

redskywei

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-09-29 13:22:57
Illusionist(金币+1): 2011-09-29 14:46:58
Illusionist(金币+3): 2011-09-30 09:07:35
你问的我不知道怎么答了。建议你多看看相关文献吧。
DMOL3的使用周期与否的区别，自己算算不就知道了。我没算过。其实就算castep对分子间范德华力的描述也是不够的。最好描述都是自己写的程序，加入特别考虑足够。还是建议你看看文献。
赞一下(1人) 回复此楼
坠入无边的网~~
6楼2011-09-29 10:57:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Illusionist 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂 一志愿西南交通大学085701环境工程 282分 +7 多多爱吃汉堡 2026-04-04 7/350 2026-04-05 19:47 by 福农资环_环境基
[考研] 材料专硕(0856) 339分求调剂 +10 哈哈哈鹅哈哈哈 2026-04-04 10/500 2026-04-05 18:51 by 蓝云思雨
[考研] 化学0703-一志愿211-338分求调剂 +7 vants 2026-04-05 7/350 2026-04-05 18:17 by cql1109
[考研] 348求调剂 +6 wukira 2026-04-04 6/300 2026-04-05 18:11 by 猪会飞
[考研] 313求调剂 +5 海日海日 2026-04-04 7/350 2026-04-05 13:58 by imissbao
[考研] 数一英一274机械调剂 +5 星陨流霞 2026-04-04 6/300 2026-04-05 11:38 by arrow8852
[考研] 求调剂，一志愿郑州大学材料与化工专硕，英二数二342分，求老师收留 +18 v12abo 2026-04-02 20/1000 2026-04-05 11:37 by a8144223
[考研] 0835学硕299求调剂 08大类可接受 +5 useryy 2026-04-03 5/250 2026-04-04 20:07 by 蓝云思雨
[考研] 材料调剂 +11 吴棂颖！ 2026-04-03 11/550 2026-04-04 09:56 by 小小树2024
[考研] 310求调剂 +18 争取九点睡 2026-03-30 18/900 2026-04-03 18:35 by ls刘帅
[考研] 085501一志愿天工大，机械专硕求调剂，跨材料 +3 33上 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:08 by 1753564080
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +6 崔wj 2026-04-02 6/300 2026-04-03 10:19 by 蓝云思雨
[考研] 273求调剂 +20 李芷新1 2026-03-31 20/1000 2026-04-03 09:58 by linyelide
[考研] 309求调剂 +14 呆菇不是戴夫 2026-04-02 14/700 2026-04-03 09:42 by 蓝云思雨
[考研] 311求调剂 +14 蓝月亮亮 2026-03-30 14/700 2026-04-02 12:18 by 1753564080
[考研] 0817化工学硕调剂 +11 努力上岸中！ 2026-03-31 11/550 2026-04-01 20:30 by 赖春艳
[考研] 【调剂】一志愿厦大生物与医药调剂 +3 Echo虾米 2026-03-31 3/150 2026-04-01 08:40 by JourneyLucky
[考研] 考研调剂求助 +7 13287130938 2026-03-31 7/350 2026-03-31 16:39 by 690616278
[考研] 吉大生物学326分求调剂 +3 sunnyupup 2026-03-31 3/150 2026-03-31 09:28 by longlotian
[考研] 一志愿食品科学与工程083200求调剂 +4 XQTJZ 2026-03-30 4/200 2026-03-31 04:10 by fmesaito
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭