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屹度

新虫 (初入文坛)

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[求助] 要做两、三个分子之间相互作用的核磁计算，我这样的理解、操作有没有问题？

初入小木虫不久，金币不多，已是全部身家，真是过意不去。。接触量化一个多月，会做单点计算、小分子计算，看了些手册和版块里的FAQ，仍然有些不解。

导师让做，当POA这个药物和Arg精氨酸拉近的时候，通过gaussian计算它们化学位移的变化。目的是与POA和Arg的核磁滴定实验数据有个比较。
【疑惑1：我不知道输入文件如何编写来表达两个分子互相靠近这个过程】于是按自己理解，在chem3D上绘出这两个分子，并MM2简单优化：

【疑惑2：但如果改变它们的相互位置，空间位阻、坐标不就完全不一样吗？只取其中一个进行计算会不会影响我想要的结果？】

导出它们的C坐标（据说C坐标做几何优化耗时最长，但因为这是将近40个原子的分子，导出C坐标操作简单点。具体几何优化需要哪种坐标我也没有明确的认知）。
编写输入文件如下：
%nproc=4
# MP2/6-31G(d) OPT TEST

POA and ARG MP2/6-31G(d) OPT

0 1
C1    -6.9230 -0.8592 0.6561
C2    -7.1050 -2.1455 1.2048
N3    -6.0806 -2.9489 1.4563
C4    -4.8692 -2.4582 1.1544
C5    -4.6705 -1.1807 0.6090
N6    -5.7248 -0.3806 0.3639
C7    -3.2923 -0.6954 0.3100
O8    -3.0493 0.5618  -0.1152
H9    -2.0829 0.6414  -0.1840
O10    -2.3316 -1.4409 0.4600
N11    -0.4577 0.2737  1.4511
H12    -0.1853 -0.1718 2.3262
H13    -0.7703 -0.4898 0.8500
C14    0.6667  1.0069  0.8501
H15    1.0497  1.7130  1.6257
C16    0.1687  1.7930  -0.3471
C17    1.7818  0.0204  0.4644
H18    1.3987  -0.6906 -0.3054
H19    2.0615  -0.5853 1.3596
O20    0.4933  3.0965  -0.2794
H21    0.1384  3.4972  -1.0904
O22    -0.4466 1.3357  -1.2802
C23    3.0345  0.7355  -0.0682
H24    3.4226  1.4321  0.7130
H25    2.7692  1.3515  -0.9599
C26    4.1458  -0.2470 -0.4664
H27    3.7731  -0.9149 -1.2777
H28    4.4519  -0.8555 0.4164
N29    5.3325  0.4823  -0.9550
H30    5.3901  1.5289  -0.9174
C31    6.3789  -0.2477 -1.4965
N32    6.3431  -1.6301 -1.5371
H33    7.1530  -2.1549 -1.9500
H34    5.5189  -2.1552 -1.1579
N35    7.4295  0.3781  -1.9673
H36    8.1119  -0.2927 -2.3262
H37    -4.0218 -3.1285 1.3691
H38    -8.1120 -2.5225 1.4430
H39    -7.7872 -0.2066 0.4546

是在LINUX系统和STERM终端下进行计算的。之前分别算过POA和Arg的OPT和NMR，很快。但是这次已经超过12小时了还没有结果。很担心没法收敛，就像我疑惑2里的，任何一种相对位置都会出现一种不同的结果，会不会因此没法收敛？或者别的什么问题？望大神指出！
【疑问3：输入什么命令可以查看计算情况和预计计算时间？】

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