| 查看: 6412 | 回复: 1 | ||||
xueyiran2007铜虫 (小有名气)
|
[求助]
MSD均方位移如何计算 已有1人参与
|
|
对MSD计算不是很清楚，这两天搜了一些相关文献，还是不太懂，很惆怅，请各位大神指点，不胜感激！ 1. MSD均方位移，<[r(t)-r(0)]2>， 是指t时刻内所有相邻数据点的平方和除以粒子数N？还是指t时刻的位置与初始时刻位置距离的平方和除以粒子数N？ 对于MSD-t曲线图是怎么算的不清楚。如果我要计算某一时刻t1的MSD，是要在初始时刻t0与目标时刻t1之间等分n步，分别计算各相邻步之间距离的平方和，再将n步的平方和相加，再除以系统粒子数N，就是t1时刻的MSD吗？ 2. 尖括号<>表示的意思 我看书上<>指系综平均，根据遍历性原则，也就等价于时间平均，是将不同时刻系统的宏观状态相加除以系统运行时间 但MSD这里的尖括号<>指的是：粒子数N的平均 问题：分子模拟中尖括号<>代表的意思不是固定的吗？可以表示不同意思？ |
回复此楼» 本帖@通知
@您好
» 猜你喜欢
关于filecode，很负责任的告诉大家
已经有5人回复
-
关于豆爷回答的JTJC与%2F数量
已经有7人回复
-
2026国自然放榜时间
已经有3人回复
-
国基金的申报应该改成非等额制，评价高的钱多评价低的钱少，但是增加资助率
已经有7人回复
-
好奇怪的filecode
已经有4人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- msd和VACF在双组份混合气体中扩散系数计算的差异
已经有6人回复
- 分子模拟中MSD的问题讨论
已经有25人回复
- 根据MSD图求扩散系数
已经有10人回复
- 扩散系数的计算及体系平衡的判断
已经有4人回复
- MS模拟扩散系数时怎么全选气体分子分析均方位移
已经有8人回复
- LAMMPS运行结果出现nan
已经有20人回复
- MSD(均方位移)有什么意义
已经有6人回复
- 用均方位移求扩散系数的疑问？
已经有9人回复
- 求助：如何计算第三组元对扩散系数（扩散激活能）的影响
已经有8人回复
- DL-Poly计算的扩散系数
已经有6人回复
- 【求助】请问如何用均方位移（MSD）求扩散系数？？？急
已经有3人回复
- 用EXCEL 处理数据，怎样写这个公式？
已经有11人回复
- 【求助】msd算法
已经有10人回复
- 【求助】均方位移
已经有10人回复
- 【求助】MUSIC的MD模块计算甲烷在IRMOF-1上的扩散系数
已经有11人回复
- 均方位移 MSD (mean squared displacement) 和 (扩散系数)如何计算处理？
已经有1人回复
- 【求助】分子动力学模拟求扩散系数，最后一步不明白，请求给位大侠。
已经有21人回复
- 【讨论】均方位移
已经有12人回复
- 【讨论】如何利用原子的运动轨迹计算扩散系数？
已经有15人回复
lsloneil
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +49 - 模拟EPI: 2
- 应助: 148 (高中生)
- 金币: 8640.9
- 散金: 507
- 红花: 30
- 帖子: 505
- 在线: 598.4小时
- 虫号: 556471
- 注册: 2008-05-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流！ 2014-05-30 18:49:40
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流！ 2014-05-30 18:49:40
|
1. 还是指t时刻的位置与初始时刻位置距离的平方和除以粒子数N？ ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ yes 2. 如果我要计算某一时刻t1的MSD，是要在初始时刻t0与目标时刻t1之间等分n步，分别计算各相邻步之间距离的平方和，再将n步的平方和相加，再除以系统粒子数N，就是t1时刻的MSD吗？ calculate You can use 'compute msd' command in lammps. For more accurate MSD calculation algorithm, please refer to 1) Frenkel and Smit, Understanding Molecular Simulations, 2nd Edition, Section 4.4, Page 91 2) Allen and Tidelsey, Computer Simulation of Liquids, Section 6.3, page 85 3.我看书上<>指系综平均，根据遍历性原则，也就等价于时间平均，是将不同时刻系统的宏观状态相加除以系统运行时间,但MSD这里的尖括号<>指的是：粒子数N的平均 MSD is a property of single particle, so you have to average it over N particles. '<>' still means ensemble average here. |
2楼2014-05-17 06:50:05
