| 查看: 3145 | 回复: 13 | ||
水儿CoCo木虫 (小有名气)
|
[求助]
grompp运行出错，求大神指教 已有2人参与
|
|
运行步骤grompp -f em.mdp -c mcl4-solv.pdb -p mcl4.top -o mcl4-ions.tpr Warning: atom name 2502 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H20 - H201) Warning: atom name 2503 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H20 - H202) Warning: atom name 2504 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H21 - H211) Warning: atom name 2505 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H21 - H212) Warning: atom name 2506 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H22 - H221) Warning: atom name 2507 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H22 - H222) WARNING 1 [file mcl4.top, line 23090]: 6 non-matching atom names atom names from mcl4.top will be used atom names from mcl4-solv.pdb will be ignored Analysing residue names: There are: 152 Protein residues There are: 1 Other residues There are: 7635 Water residues Analysing Protein... Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups... Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 53355.00 Largest charge group radii for Van der Waals: 0.219, 0.216 nm Largest charge group radii for Coulomb: 0.447, 0.447 nm Calculating fourier grid dimensions for X Y Z Using a fourier grid of 54x60x54, spacing 0.113 0.116 0.111 Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.30 This run will generate roughly 295 Mb of data There was 1 note There was 1 warning ------------------------------------------------------- Program grompp, VERSION 4.5.5 Source code file: grompp.c, line: 1584 Fatal error: Too many warnings (1), grompp terminated. If you are sure all warnings are harmless, use the -maxwarn option. 这是我的mcl4-solv.pdb文件和top文件，mdp文件应该是没有问题的。 然后我加上-maxwarn之后再运行grompp -f em.mdp -c mcl4-solv.pdb -p mcl4.top -o mcl4-ions.tpr –maxwarn 出现以下错误 Fatal error: Expected an integer argument for option -maxwarn 我不知道该怎么改文件啊，求大神指点  要疯了 mcl4-solv.jpg  top.jpg |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有6人回复
-
明天应该可查了！？
已经有5人回复
-
如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》
已经有7人回复
-
没有任何消息-是不是就凉了
已经有8人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
人气不行了
已经有10人回复
-
我面上完蛋了
已经有10人回复
-
能否退出参与的面上项目解除限项
已经有24人回复
-
filecode，4个jtjc了
已经有17人回复
-
2026国自然函评费到账
已经有19人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助由酸制备醛，求大神们指教！
已经有6人回复
- 关于重结晶，求大神指教
已经有10人回复
- 各位大神 小弟问一个重结晶的问题 求指教
已经有8人回复
- 关于调剂，求大神指教。
已经有13人回复
- 求大神指教MS软件问题
已经有4人回复
- GROMACS运行出错了，求助中
已经有15人回复
- 求大神指教，本人在做一种Ca/Al氧化物掺杂稀土的发光材料研究
已经有4人回复
- 红外谱图求大神指教！小女子感激不尽！
已经有6人回复
- 2015土木工程考研，求大神指教！！！
已经有4人回复
- 15浙大化工考研的，求大神指教啊
已经有5人回复
- 有没有人通过scholar one系统投稿，真心求大神指教。关于第一作者和通讯作者
已经有8人回复
- 初入电化学，求大神指教这个CV图的意义
已经有4人回复
- 锂钛氧电池首次放电正常，然后一直充电，充电电压上不去，求大神指教！
已经有10人回复
- 高效液相梯度洗脱耐用性试验怎么做？求各位大神指教
已经有6人回复
- 纯镁金相腐蚀不出来啊 急求大神指教.........
已经有5人回复
- 求大神指教YFeO3的建晶体过程
已经有12人回复
- 求大神指教——SPR的激发除了对光的频率有要求，对入射光的角度有要求吗
已经有11人回复
- EPJAP投出稿件快两月了，状态如下，求大神指教是什么情况
已经有9人回复
- 下学期和老师做药物化学实验，想找个比较简单的反应合成一下，求大神指教，膜拜。
已经有10人回复
- 求大神指教，为什么台式机屏幕一直闪，最后变为亮线
已经有6人回复
- 高效液相 总有馒头峰 求大神指教
已经有14人回复
2楼2014-04-16 09:40:07
水儿CoCo
木虫 (小有名气)
- 应助: 12 (小学生)
- 金币: 2597.7
- 红花: 7
- 帖子: 120
- 在线: 96.8小时
- 虫号: 2718708
- 注册: 2013-10-12
- 性别: MM
- 专业: 药物化学
3楼2014-04-16 09:44:32
4楼2014-04-16 10:21:53
水儿CoCo
木虫 (小有名气)
- 应助: 12 (小学生)
- 金币: 2597.7
- 红花: 7
- 帖子: 120
- 在线: 96.8小时
- 虫号: 2718708
- 注册: 2013-10-12
- 性别: MM
- 专业: 药物化学
送红花一朵 |
好了虽然还是有提示，但是能够运行得出结果，谢谢大神  感动啊感动，小红花一朵~\(≧▽≦)/~啦啦啦Warning: atom name 2502 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H20 - H201) Warning: atom name 2503 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H20 - H202) Warning: atom name 2504 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H21 - H211) Warning: atom name 2505 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H21 - H212) Warning: atom name 2506 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H22 - H221) Warning: atom name 2507 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H22 - H222) WARNING 1 [file mcl4.top, line 23090]: 6 non-matching atom names atom names from mcl4.top will be used atom names from mcl4-solv.pdb will be ignored Analysing residue names: There are: 152 Protein residues There are: 1 Other residues There are: 7635 Water residues Analysing Protein... Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups... Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 53355.00 Largest charge group radii for Van der Waals: 0.219, 0.216 nm Largest charge group radii for Coulomb: 0.447, 0.447 nm Calculating fourier grid dimensions for X Y Z Using a fourier grid of 54x60x54, spacing 0.113 0.116 0.111 Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.30 This run will generate roughly 295 Mb of data There was 1 note There was 1 warning |
5楼2014-04-16 10:29:13
astrozheng
银虫 (小有名气)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 512.2
- 散金: 353
- 红花: 4
- 帖子: 268
- 在线: 38.6小时
- 虫号: 2499964
- 注册: 2013-06-07
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
6楼2014-04-19 22:04:04
水儿CoCo
木虫 (小有名气)
- 应助: 12 (小学生)
- 金币: 2597.7
- 红花: 7
- 帖子: 120
- 在线: 96.8小时
- 虫号: 2718708
- 注册: 2013-10-12
- 性别: MM
- 专业: 药物化学
7楼2014-04-21 08:42:09
8楼2014-06-23 14:42:04
水儿CoCo
木虫 (小有名气)
- 应助: 12 (小学生)
- 金币: 2597.7
- 红花: 7
- 帖子: 120
- 在线: 96.8小时
- 虫号: 2718708
- 注册: 2013-10-12
- 性别: MM
- 专业: 药物化学
9楼2014-06-23 19:57:50
10楼2014-06-23 21:02:25
