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水儿CoCo

木虫 (小有名气)

应助: 12 (小学生)
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注册: 2013-10-12
性别: MM
专业: 药物化学

[求助] grompp运行出错，求大神指教已有2人参与

运行步骤grompp -f em.mdp -c mcl4-solv.pdb -p mcl4.top -o mcl4-ions.tpr

Warning: atom name 2502 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H20 - H201)
Warning: atom name 2503 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H20 - H202)
Warning: atom name 2504 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H21 - H211)
Warning: atom name 2505 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H21 - H212)
Warning: atom name 2506 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H22 - H221)
Warning: atom name 2507 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H22 - H222)

WARNING 1 [file mcl4.top, line 23090]:
  6 non-matching atom names
  atom names from mcl4.top will be used
  atom names from mcl4-solv.pdb will be ignored

Analysing residue names:
There are: 152 Protein residues
There are:    1    Other residues
There are:  7635    Water residues
Analysing Protein...
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...
Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 53355.00
Largest charge group radii for Van der Waals: 0.219, 0.216 nm
Largest charge group radii for Coulomb:    0.447, 0.447 nm
Calculating fourier grid dimensions for X Y Z
Using a fourier grid of 54x60x54, spacing 0.113 0.116 0.111
Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.30
This run will generate roughly 295 Mb of data

There was 1 note

There was 1 warning

-------------------------------------------------------
Program grompp, VERSION 4.5.5
Source code file: grompp.c, line: 1584

Fatal error:
Too many warnings (1), grompp terminated.
If you are sure all warnings are harmless, use the -maxwarn option.

这是我的mcl4-solv.pdb文件和top文件，mdp文件应该是没有问题的。
然后我加上-maxwarn之后再运行grompp -f em.mdp -c mcl4-solv.pdb -p mcl4.top -o mcl4-ions.tpr –maxwarn
出现以下错误
Fatal error:
Expected an integer argument for option -maxwarn

我不知道该怎么改文件啊，求大神指点

要疯了

mcl4-solv.jpg

top.jpg

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1楼2014-04-16 09:17:05

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送红花一朵

引用回帖:

4楼: Originally posted by dkgmx at 2014-04-16 10:21:53
grompp -f em.mdp -c mcl4-solv.pdb -p mcl4.top -o mcl4-ions.tpr –maxwarn 1 最后加个1 继续往下做看看会不会出现相关错误不出错就没事...

好了虽然还是有提示，但是能够运行得出结果，谢谢大神

感动啊感动，小红花一朵~\(≧▽≦)/~啦啦啦
Warning: atom name 2502 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H20 - H201)
Warning: atom name 2503 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H20 - H202)
Warning: atom name 2504 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H21 - H211)
Warning: atom name 2505 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H21 - H212)
Warning: atom name 2506 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H22 - H221)
Warning: atom name 2507 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H22 - H222)

WARNING 1 [file mcl4.top, line 23090]:
  6 non-matching atom names
  atom names from mcl4.top will be used
  atom names from mcl4-solv.pdb will be ignored

Analysing residue names:
There are: 152 Protein residues
There are:    1    Other residues
There are:  7635    Water residues
Analysing Protein...
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...
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Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.30
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