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1楼2014-04-16 09:17:05

dkgmx

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【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-16 18:26:27

如果你想忽略警告 -maxwarn还需要一个数值它最多能忍受的警告值默认为0 你要把它改成1

坚持

2楼2014-04-16 09:40:07

水儿CoCo

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引用回帖:

2楼: Originally posted by dkgmx at 2014-04-16 09:40:07
如果你想忽略警告 -maxwarn还需要一个数值它最多能忍受的警告值默认为0 你要把它改成1

可是关键是在哪里改还有肿么改捏

而且那两个文件不用改吗，虽然我不知道怎么改，但是警告好多啊

3楼2014-04-16 09:44:32

dkgmx

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月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-04-16 18:26:36

引用回帖:

3楼: Originally posted by 水儿CoCo at 2014-04-16 09:44:32
可是关键是在哪里改还有肿么改捏

而且那两个文件不用改吗，虽然我不知道怎么改，但是警告好多啊

...

grompp -f em.mdp -c mcl4-solv.pdb -p mcl4.top -o mcl4-ions.tpr –maxwarn 1 最后加个1 继续往下做看看会不会出现相关错误不出错就没事

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水儿CoCo

坚持

4楼2014-04-16 10:21:53

水儿CoCo

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送红花一朵

引用回帖:

4楼: Originally posted by dkgmx at 2014-04-16 10:21:53
grompp -f em.mdp -c mcl4-solv.pdb -p mcl4.top -o mcl4-ions.tpr –maxwarn 1 最后加个1 继续往下做看看会不会出现相关错误不出错就没事...

好了虽然还是有提示，但是能够运行得出结果，谢谢大神

感动啊感动，小红花一朵~\(≧▽≦)/~啦啦啦
Warning: atom name 2502 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H20 - H201)
Warning: atom name 2503 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H20 - H202)
Warning: atom name 2504 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H21 - H211)
Warning: atom name 2505 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H21 - H212)
Warning: atom name 2506 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H22 - H221)
Warning: atom name 2507 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H22 - H222)

WARNING 1 [file mcl4.top, line 23090]:
  6 non-matching atom names
  atom names from mcl4.top will be used
  atom names from mcl4-solv.pdb will be ignored

Analysing residue names:
There are: 152 Protein residues
There are:    1    Other residues
There are:  7635    Water residues
Analysing Protein...
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...
Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 53355.00
Largest charge group radii for Van der Waals: 0.219, 0.216 nm
Largest charge group radii for Coulomb:    0.447, 0.447 nm
Calculating fourier grid dimensions for X Y Z
Using a fourier grid of 54x60x54, spacing 0.113 0.116 0.111
Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.30
This run will generate roughly 295 Mb of data

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5楼2014-04-16 10:29:13

astrozheng

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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-22 20:09:24

这里是H原子不对应。在PDB文件中的H原子和Top文件中的命名不对应。
在创建.top文件的时候，用pdb2gmx这个功能，需要在后面加上 -ignh （表示 ignore Hydrogen），等到后来Gromacs会自动添加H原子，不会出现这种错误。也可以用vim或者sed或者awk手动去掉PDB文件中的所以H原子，再进行下面的操作。

个人签名用英文会没有空格，真是个bug.

6楼2014-04-19 22:04:04

水儿CoCo

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6楼: Originally posted by astrozheng at 2014-04-19 22:04:04
这里是H原子不对应。在PDB文件中的H原子和Top文件中的命名不对应。
在创建.top文件的时候，用pdb2gmx这个功能，需要在后面加上 -ignh （表示 ignore Hydrogen），等到后来Gromacs会自动添加H原子，不会出现这种错误 ...

我是加了忽略氢的那个选项的啊，不过后来修改了top文件然后就好了，谢谢你啦

7楼2014-04-21 08:42:09