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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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rst19860616

金虫 (正式写手)

[求助] SNP的置换检验(permutation test)求助 已有1人参与

本人最近在做SNP与一种疾病的关联分析(association study),由于样本量偏少些,所以想做置换检验(permutation tests)。我现在会使用Haploview做等位基因的permutation test,但对于additive model、recessive model、dominant model的permutation test就不懂怎么去做了,现诚心请教这方面的高手。如我的数据如下:
healthy controls:A:147,C:117,AA:38,AC:71,CC:23;
Cases:A:93,C:119,AA:20,AC:53,CC:33.
我现在对SPSS和stata有一点认识,可以在这两种软件里完成吗?方便的话,高手可以将各个步骤讲清楚些吗?谢谢。
另外,我看很多文章都有用SPSS做SNP的Hardy-Weinberg equilibrium检验,但我试了几次都不成功,高手可否将详细步骤告知呢?比如数据的输入、操作方法等。
在线急求,谢谢各位啦!
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HKcomeon...
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rst19860616

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xrxleisure at 2021-01-14 16:58:20
请教一下,我现在也在做这个,方便详细讲一下吗?

不知你对PLINK熟悉吗?这个软件就是专门用来做关联分析的,全基因组的关联分析都可以做
HKcomeon...
4楼2021-04-04 21:25:01
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rst19860616

金虫 (正式写手)

紧急求助啊,先谢谢各位了
HKcomeon...
2楼2014-04-14 11:02:36
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xrxleisure

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

请教一下,我现在也在做这个,方便详细讲一下吗?
3楼2021-01-14 16:58:20
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