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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » SNP的置换检验（permutation test）求助
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rst19860616

金虫 (正式写手)

[求助] SNP的置换检验（permutation test）求助 已有1人参与

本人最近在做SNP与一种疾病的关联分析（association study），由于样本量偏少些，所以想做置换检验（permutation tests）。我现在会使用Haploview做等位基因的permutation test，但对于additive model、recessive model、dominant model的permutation test就不懂怎么去做了，现诚心请教这方面的高手。如我的数据如下：
healthy controls：A:147，C:117，AA:38，AC:71，CC:23;
Cases：A:93，C:119，AA:20，AC:53，CC:33.
我现在对SPSS和stata有一点认识，可以在这两种软件里完成吗？方便的话，高手可以将各个步骤讲清楚些吗？谢谢。
另外，我看很多文章都有用SPSS做SNP的Hardy-Weinberg equilibrium检验，但我试了几次都不成功，高手可否将详细步骤告知呢？比如数据的输入、操作方法等。
在线急求，谢谢各位啦！
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高水平文章和国家级项目
1楼 2014-04-13 19:42:51
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rst19860616

金虫 (正式写手)
紧急求助啊，先谢谢各位了
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高水平文章和国家级项目
2楼2014-04-14 11:02:36
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xrxleisure

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

请教一下，我现在也在做这个，方便详细讲一下吗？
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3楼2021-01-14 16:58:20
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rst19860616

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xrxleisure at 2021-01-14 16:58:20
请教一下，我现在也在做这个，方便详细讲一下吗？

不知你对PLINK熟悉吗？这个软件就是专门用来做关联分析的，全基因组的关联分析都可以做
赞一下 回复此楼
高水平文章和国家级项目
4楼2021-04-04 21:25:01
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