24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1421  |  回复: 3
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

lnu101

金虫 (初入文坛)

[求助] 求助AutoDock如何设置参数使已有PDB文件中Mg离子与配体可以形成氢键氢键? 已有1人参与

3BWM的晶体结构由蛋白、配体与Mg离子组成,其中Mg与蛋白和配体的氢键在复合物的形成中起到重要的作用,但是模拟时不能形成氢键,如何设计参数可以实践氢键的模拟,希望能给出详细的操作,谢谢。

求助AutoDock如何设置参数使已有PDB文件中Mg离子与配体可以形成氢键氢键?
两个氢键3BWM.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arthurii

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by jinyanyan at 2014-06-06 23:28:59
请教一下Mn离子的与氧形成配位键,但auto dock计算是并没有,我可以尝试着修改写什么来促使配位键形成?...

共价作用不用量化方法来计算,都不准吧,对接算出来的共价不太靠谱
4楼2014-06-08 09:58:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

arthurii

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流 2014-04-13 09:18:51
这种金属相互作用不算氢键吧?
Mg2+的力场不太好用,一般很难模拟好,你可以比较一下不同的软件,看看哪个效果好。
我自己以前用过觉得CDocker做出来的容易看到Mg2+跟配体的相互作用。
2楼2014-04-12 01:14:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jinyanyan

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by arthurii at 2014-04-12 01:14:27
这种金属相互作用不算氢键吧?
Mg2+的力场不太好用,一般很难模拟好,你可以比较一下不同的软件,看看哪个效果好。
我自己以前用过觉得CDocker做出来的容易看到Mg2+跟配体的相互作用。

请教一下Mn离子的与氧形成配位键,但auto dock计算是并没有,我可以尝试着修改写什么来促使配位键形成?
3楼2014-06-06 23:28:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 263求调剂 +3 李nihao 2026-04-08 3/150 2026-04-08 05:40 by 挽忆欢
[考研] 一志愿南科大生物学297分,求调剂推荐 +8 Y-yyusx 2026-04-06 9/450 2026-04-07 19:38 by biomichael
[考研] 一志愿北京化工085600 310分求调剂 +20 0856材料与化工3 2026-04-04 22/1100 2026-04-07 15:14 by 上岸快快
[考研] 302分求调剂 一志愿安徽大学085601 +12 zyx上岸! 2026-04-04 12/600 2026-04-07 02:09 by BruceLiu320
[考研] 08600生物与医药-327 +9 18755400796 2026-04-05 9/450 2026-04-06 22:35 by 52305043001
[考研] 生物学调剂 可调剂到生物与医药 +3 李政莹 2026-04-06 3/150 2026-04-06 19:02 by macy2011
[考研] 一志愿河北工业大学材料工程,初试344求专硕调剂 +6 15933906766 2026-04-05 6/300 2026-04-06 13:21 by 无际的草原
[考研] 0703化学调剂325分 +12 15771691647 2026-04-04 13/650 2026-04-06 12:00 by lijunpoly
[考研] 272分求调剂 +4 wangyile2233 2026-04-02 4/200 2026-04-05 22:21 by 286640313
[考研] 材料专硕(0856) 339分求调剂 +10 哈哈哈鹅哈哈哈 2026-04-04 10/500 2026-04-05 18:51 by 蓝云思雨
[考研] 288求调剂 一志愿哈工大 材料与化工 +13 洛神哥哥 2026-04-03 13/650 2026-04-05 17:27 by zzx2138
[考研] 083200 333求调剂 +3 十二!! 2026-04-04 3/150 2026-04-05 08:28 by barlinike
[考研] 313求调剂 +3 海日海日 2026-04-04 3/150 2026-04-05 07:48 by 544594351
[考研] 材料调剂 +10 懒羊羊轻置玉臀 2026-04-02 11/550 2026-04-04 21:56 by laoshidan
[考研] 278求调剂 +3 依旧! 2026-04-02 4/200 2026-04-04 20:27 by 蓝云思雨
[考研] 化工求调剂 +11 荔香芝士椰奶 2026-04-03 11/550 2026-04-03 22:06 by 啵啵啵0119
[考研] 321求调剂 +17 y-yh 2026-04-01 20/1000 2026-04-03 12:57 by y-yh
[考研] 复试调剂 +3 bvzz 2026-04-01 3/150 2026-04-03 09:47 by 蓝云思雨
[考研] 312求调剂 +4 赊月色 2026-04-02 5/250 2026-04-03 08:21 by fangshan711
[考研] 377求调剂 +3 RASKIN 2026-04-02 3/150 2026-04-02 09:45 by zzchen2000
信息提示
请填处理意见