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lnu101

金虫 (初入文坛)

[求助] 求助AutoDock如何设置参数使已有PDB文件中Mg离子与配体可以形成氢键氢键？ 已有1人参与

3BWM的晶体结构由蛋白、配体与Mg离子组成，其中Mg与蛋白和配体的氢键在复合物的形成中起到重要的作用，但是模拟时不能形成氢键，如何设计参数可以实践氢键的模拟，希望能给出详细的操作，谢谢。

求助AutoDock如何设置参数使已有PDB文件中Mg离子与配体可以形成氢键氢键？
两个氢键3BWM.jpg
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1楼 2014-04-09 10:17:06
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arthurii

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流 2014-04-13 09:18:51
这种金属相互作用不算氢键吧？
Mg2+的力场不太好用，一般很难模拟好，你可以比较一下不同的软件，看看哪个效果好。
我自己以前用过觉得CDocker做出来的容易看到Mg2+跟配体的相互作用。
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2楼2014-04-12 01:14:27
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jinyanyan

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by arthurii at 2014-04-12 01:14:27
这种金属相互作用不算氢键吧？
Mg2+的力场不太好用，一般很难模拟好，你可以比较一下不同的软件，看看哪个效果好。
我自己以前用过觉得CDocker做出来的容易看到Mg2+跟配体的相互作用。

请教一下Mn离子的与氧形成配位键，但auto dock计算是并没有，我可以尝试着修改写什么来促使配位键形成？
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2014-06-06 23:28:59
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arthurii

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jinyanyan at 2014-06-06 23:28:59
请教一下Mn离子的与氧形成配位键，但auto dock计算是并没有，我可以尝试着修改写什么来促使配位键形成？...

共价作用不用量化方法来计算，都不准吧，对接算出来的共价不太靠谱
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2014-06-08 09:58:17
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