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zhangye232

木虫 (正式写手)

[求助] PAGE电泳跑单个核酸序列出现4个条带让我很纠结 已有1人参与

核酸序列是5‘  TTTTTTTCAACATCAGTCTGATAAGCTAGACTGATGTTGATAGCTTATCAGACTGA  3’  巯基标记的5'端   本来是希望序列是形成一个发夹结构，但是最后电泳跑出4条带出来   最右边是我的那个核酸序列，， 旁边是500的MAKER 最左边是20的MAKER      求大神帮忙分析

PAGE电泳跑单个核酸序列出现4个条带让我很纠结
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1楼 2014-04-07 12:59:51
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pennchem

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhangye232: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-04-07 17:54:51
你跑的是singe stranded DNA, 还是双链DNA？你跑的电泳是变性还是非变性？
我假定是单链DNA，非变性电泳

如果你电泳条件够温和，没有大量发热的情况下，你的DNA可以形成好多种稳定的hairpin的结构（Tm> 50°C），所以出现几种结构完全可能。

如果你想确认，而且你可以做放射性实验室的话，可以跑变性胶，看是否是一条带

或如果你的条带上面有发光基团，也可以跑变性胶，看是否是一条带。

GOOD LUCK
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行至水穷处，坐看云起时
2楼2014-04-07 15:25:37
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pennchem

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
zhangye232: 金币+3, ★有帮助 2014-04-07 17:55:02
最亮的两条带，个人揣测，一条是自己形成的hairpin，另外一条是两条引物彼此形成的dimer，另外两条就是此级稳定的单引物和双引物
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行至水穷处，坐看云起时
3楼2014-04-07 15:46:16
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