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wangdunzju

新虫 (小有名气)

[求助] 蛋白SDSPAGE电泳遇到分子量漂移,变大30多kDa! 已有1人参与

最近在做蛋白的SDS-PAGE电泳,遇到目的蛋白分子量漂移的现象,请各位大侠给鉴定一下原因:
我的目的蛋白等电点为7.2,基因序列已知,可以预测其分子量为42kDa左右。用TCA-丙酮沉淀法提取总蛋白做WB检验后,证明蛋白分子量与预测的一致。
因为后面要做一些与功能相关的实验,想用可溶的体系提取蛋白。
我于是用不同pH值的提取液(Tris体系),分为5,7,9三个PH梯度分别提取烟草叶片蛋白,四度离心15分钟(13000rpm),然后将每个样品的上清(可溶性组分)与沉淀组分(不溶性组分)分别制样,用于WB检测,结果如下:蛋白SDSPAGE电泳遇到分子量漂移,变大30多kDa!
如图,TCA法杂出42kDa的目的条带,与预测分子量一致;而上清组分中没有杂出目的条带;沉淀组分中在高pH提取液样品中杂出一个约70kDa的目的带!这让我很纠结,怎么分子量会变大呢?蛋白二聚体应该不可能,因为是SDS-page电泳,SDS会打断亚基之间的结构,况且制样时用上样缓冲液煮过10分钟。那么是什么原因使蛋白的表观分子量变大了呢?我怀疑是是不是蛋白与核酸结合导致蛋白跑慢了,但不知道SDS-page电泳会不会导致核酸与蛋白的结合被破坏,所以不敢下这个结论。或者还有什么别的什么因素导致这样的结果?有这方面经验的虫友帮忙诊断一下啊!多谢了!
祝虫友马年有一切!

[ Last edited by wangdunzju on 2014-2-9 at 15:21 ]
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wangdunzju

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by cicelyzh at 2014-02-10 13:56:40
SDS上样缓冲液是否加了巯基乙醇或者DTT?核酸蛋白复合物在SDS作用下一般会被打断。如果你不能确定,可以用核酸酶消化样品后与未做消化的比较。...

SDS上样缓冲液已经含有巯基乙醇和SDS了,既然核酸蛋白复合物在SDS作用下一般会被打断,那看来这个蛋白结合的不是核酸了?
5楼2014-02-11 10:55:41
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Allen206

银虫 (小有名气)

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-02-12 13:43:09
先别砖模,先用考染看一下,排除砖模过程不确定性,tris提取时怎么做的?不肯能无端变大,无非是聚合的问题,还原非还原都跑一下,这有篇文献TCA-丙酮沉淀法提取聚合草叶蛋白的研究董双涛  李宝霞  霍乃蕊
不想说什么,,,,
8楼2014-02-12 11:07:14
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普通回帖

wangdunzju

新虫 (小有名气)

有没有遇到过这样情况的大侠帮忙解答啊!!!
2楼2014-02-10 10:03:38
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-02-11 15:19:10
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangdunzju at 2014-02-10 10:03:38
有没有遇到过这样情况的大侠帮忙解答啊!!!

SDS上样缓冲液是否加了巯基乙醇或者DTT?核酸蛋白复合物在SDS作用下一般会被打断。如果你不能确定,可以用核酸酶消化样品后与未做消化的比较。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2014-02-10 13:56:40
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

你用TCA方法是怎么提取蛋白质的啊?
我一直用RIPA裂解液提取蛋白质,有一种蛋白在做WB时总是分子量比序列估计值大20多kDa。
4楼2014-02-11 10:52:04
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wangdunzju

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jurkat.1640 at 2014-02-11 10:52:04
你用TCA方法是怎么提取蛋白质的啊?
我一直用RIPA裂解液提取蛋白质,有一种蛋白在做WB时总是分子量比序列估计值大20多kDa。

就是用常规的TCA-丙酮沉淀法,用10%TCA磨样,离心,用丙酮洗沉淀,然后干燥,最后用尿素溶解沉淀,离心,上清制样跑SDS-PAGE。用这种方法提的蛋白样,分析量没有漂移,就是预测的43kDa。真是奇怪!
6楼2014-02-11 10:58:50
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farther1990

铜虫 (初入文坛)

弱弱的问一声,你是怎么做到让这些条带有各种颜色啊?我做到都是清一色的蓝色啊。
不以物喜,不以己悲
7楼2014-02-12 10:03:24
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wangdunzju

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by Allen206 at 2014-02-12 11:07:14
先别砖模,先用考染看一下,排除砖模过程不确定性,tris提取时怎么做的?不肯能无端变大,无非是聚合的问题,还原非还原都跑一下,这有篇文献TCA-丙酮沉淀法提取聚合草叶蛋白的研究董双涛  李宝霞  霍乃蕊

谢谢,我试试
9楼2014-02-12 15:29:29
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小肥肉007

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by farther1990 at 2014-02-12 10:03:24
弱弱的问一声,你是怎么做到让这些条带有各种颜色啊?我做到都是清一色的蓝色啊。

有自带三色的预染MARKER
10楼2014-03-19 09:46:26
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