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aibinwu-000

木虫 (正式写手)

[求助] 求指点，如何进行虚拟筛选工作已有1人参与

本人专业有机合成，现在在学药物设计（对计算机辅助药物设计还没入门，只了解相关概念如基于受体的设计、基于配体的设计等，对autodock, dock, sybyl, pymol等软件只能简单操作），看了很多资料包括JMC和BMC等，对其中化合物库的虚拟筛选部分很感兴趣...........，但不知如何具体操作，文献中也没有这么具体！
现求药物设计高手指点，我该按照什么步骤和流程，才能一步一步进入到该领域？
我试图重复文献的工作，但苦于对软件的不熟悉，进展很缓慢！！！
求高手赐教。
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宁静致远
1楼2014-04-04 23:47:49
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suckdick

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
辣笔v小新: 金币+1, 鼓励应助交流 2014-05-01 08:35:58
我電腦科學本業, 我本身有寫些虛擬篩選(後面用VS取代)東西, 我們可以交換下心得.

扣除太複雜的設定不說, 扣除高昂付費的, VS大多數都是使用傳統的docking工具,
如 autodock, autodock vina...etc. 加上些許自行開發的程式, 當然, 用cluster又是壹番奮戰.
但要高效能, 必須架設.
小分子方面, 大多使用 ZINC的小分子資料庫, ZINC下載後為mol2, 以我�?做的vina的VS?碚f.
需要轉成pdbqt, 此時可以使用openbabel去做轉換, 當然, 要寫些程式去組合這些工具
具我個人推測, 小分子資料庫通常使用zdd(FDA的藥), tcm(台灣 中國醫藥學院中藥資料庫) 等

�?際上使用流程, 大體上就是
輸入
1.妳選的目標蛋白
2.妳選的藥物資料庫(小分子資料庫)
經過
巨集化的docking 軟體 做docking �?做上通常選擇autodock vina或更快速的docking軟體
得出
一堆結合結果, 和一堆自由能數據
選擇
自由能最低的幾個做為疑似的藥物.
之後
HTS ,毒性, 動物, 人體等後續�?驗

當然, 如果妳有資金, 對電腦沒有大概念, ?K有VS需求, 可以選擇
http://www.vslead.com/
用現成的, 比較省時間. 只是 所費不貲

如果妳是有保密需求, 願意花資金, 架設私有的Cluster去做如上面那個服務相同的運算,
價格又不太想如上面的這麼高. 可以通知我, 能幫妳"跑"VS,
或是架設vs平台, ?K撰寫說明文件給您使用. 當然, 初期所費不貲, 但是, 如有長久需求,
會不到上面平台的費用1/10. 甚至千分之一

當然, 我是電腦專業, 不能幫你選擇目標蛋白, 分析結果, 生物�?驗
以這�?學問?碚f, 選擇目標蛋白才是技術門檻, 假設VS是輪胎,
選擇蛋白質就是引擎的重要度. 當然, 我可以幫妳找博士級且論文是做這方面的幫妳做.
但是, 相對費用就非常高, 對學習研究也沒大幫助, 除非妳要"論文代工", 不然不建議.
當然, 如果妳是藥?S, 想省下花費HTS的經費. 我是可以幫妳連繫人員, 做一個牽線人.
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2楼2014-04-30 18:01:21
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