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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs运算结束后如何提取某指定模拟时间的蛋白质结构？
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转基因猴子

木虫 (正式写手)

[交流] Gromacs运算结束后如何提取某指定模拟时间的蛋白质结构？

各位，我做完了50ns的运算，现在想提取某些模拟时间节点的蛋白质结构gro或者pdb文件，请问用什么命令提取呢？
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我还年轻，我要上路！
1楼 2014-03-24 15:30:32
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fangsteel

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-24 19:16:03
用vmd输入xtc直接跑到指定某个时刻的构象，然后导出pdb就行。
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gromacs
3楼2014-03-24 16:01:35
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zhaoyan1978
2楼2014-03-24 15:39:02
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
转基因猴子: 金币+8, 看的时候貌似直接略过这个命令了 2014-03-24 16:23:02
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-24 19:16:09
RTFM  ： http://zh.wikipedia.org/wiki/RTFM


trjconv  ： is ok!
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4楼2014-03-24 16:13:09
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