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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2026级博士研究生招生报考通知(长期有效)
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夏天的普洱茶

木虫 (著名写手)

[求助] 扩全长选walking还是RACE?已有2人参与

最近根据N端保守区和中间一个保守区域扩增出一个大约700bp的片段,比对后发现是我要的酶,现在想扩增全长,查了些资料后,不知道该选哪个方法,请虫友们给个建议。我的菌是细菌,现在知道5‘端的700个碱基,具体全序列有多长还不知道,查了些资料说可以用genome walking或者race,这两种选哪一个比较好呢?
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-03-21 10:32:48
夏天的普洱茶: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-03-21 20:46:12
引用回帖:
7楼: Originally posted by 夏天的普洱茶 at 2014-03-20 19:20:55
我用的是原核的菌,又没有内含子,为什么一定要用cDNA做模板扩增?...

由于你是原核的,所以获得cDNA的全长序列和基因所在的全长基因组序列是一样的

你这个问题的本质就是你需要扩增你已知的700bp序列的侧翼序列,即所谓的genome walking

由已知序列扩未知序列,方法有很多
常用的有iPCR,adaptor-PCR,Tail-PCR,个人经验iPCR配合nested PCR成功率比较高
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
8楼2014-03-20 20:08:37
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西门吹雪170

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
RACE一般都是针对cDNA吧,而genome walking是针对基因组,你要先确定你要扩增的是什么!
植根于内心的修养;无需提醒的自觉;以约束为前提的自由;为别人着想的善良
2楼2014-03-20 16:30:16
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夏天的普洱茶

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 西门吹雪170 at 2014-03-20 16:30:16
RACE一般都是针对cDNA吧,而genome walking是针对基因组,你要先确定你要扩增的是什么!

我后期要做表达,应该是要DNA吧
3楼2014-03-20 16:33:20
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西门吹雪170

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 夏天的普洱茶 at 2014-03-20 16:33:20
我后期要做表达,应该是要DNA吧...

那应该是用RACE了
植根于内心的修养;无需提醒的自觉;以约束为前提的自由;为别人着想的善良
4楼2014-03-20 16:50:39
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