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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 扩全长选walking还是RACE?
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夏天的普洱茶

木虫 (著名写手)

[求助] 扩全长选walking还是RACE? 已有2人参与

最近根据N端保守区和中间一个保守区域扩增出一个大约700bp的片段，比对后发现是我要的酶，现在想扩增全长，查了些资料后，不知道该选哪个方法，请虫友们给个建议。我的菌是细菌，现在知道5‘端的700个碱基，具体全序列有多长还不知道，查了些资料说可以用genome walking或者race，这两种选哪一个比较好呢？
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1楼 2014-03-20 15:35:53
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-03-21 10:32:48
夏天的普洱茶: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-03-21 20:46:12
引用回帖:
7楼: Originally posted by 夏天的普洱茶 at 2014-03-20 19:20:55
我用的是原核的菌，又没有内含子，为什么一定要用cDNA做模板扩增？...

由于你是原核的，所以获得cDNA的全长序列和基因所在的全长基因组序列是一样的

你这个问题的本质就是你需要扩增你已知的700bp序列的侧翼序列，即所谓的genome walking

由已知序列扩未知序列，方法有很多
常用的有iPCR，adaptor-PCR，Tail-PCR，个人经验iPCR配合nested PCR成功率比较高
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学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
8楼2014-03-20 20:08:37
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西门吹雪170

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
RACE一般都是针对cDNA吧，而genome walking是针对基因组，你要先确定你要扩增的是什么！
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植根于内心的修养；无需提醒的自觉；以约束为前提的自由；为别人着想的善良
2楼2014-03-20 16:30:16
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夏天的普洱茶

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 西门吹雪170 at 2014-03-20 16:30:16
RACE一般都是针对cDNA吧，而genome walking是针对基因组，你要先确定你要扩增的是什么！

我后期要做表达，应该是要DNA吧
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3楼2014-03-20 16:33:20
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西门吹雪170

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 夏天的普洱茶 at 2014-03-20 16:33:20
我后期要做表达，应该是要DNA吧...

那应该是用RACE了
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植根于内心的修养；无需提醒的自觉；以约束为前提的自由；为别人着想的善良
4楼2014-03-20 16:50:39
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