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夏天的普洱茶

木虫 (著名写手)

[求助] 扩全长选walking还是RACE? 已有2人参与

最近根据N端保守区和中间一个保守区域扩增出一个大约700bp的片段,比对后发现是我要的酶,现在想扩增全长,查了些资料后,不知道该选哪个方法,请虫友们给个建议。我的菌是细菌,现在知道5‘端的700个碱基,具体全序列有多长还不知道,查了些资料说可以用genome walking或者race,这两种选哪一个比较好呢?
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gyesang

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-03-21 10:32:48
夏天的普洱茶: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-03-21 20:46:12
引用回帖:
7楼: Originally posted by 夏天的普洱茶 at 2014-03-20 19:20:55
我用的是原核的菌,又没有内含子,为什么一定要用cDNA做模板扩增?...

由于你是原核的,所以获得cDNA的全长序列和基因所在的全长基因组序列是一样的

你这个问题的本质就是你需要扩增你已知的700bp序列的侧翼序列,即所谓的genome walking

由已知序列扩未知序列,方法有很多
常用的有iPCR,adaptor-PCR,Tail-PCR,个人经验iPCR配合nested PCR成功率比较高
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
8楼2014-03-20 20:08:37
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普通回帖

西门吹雪170

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
RACE一般都是针对cDNA吧,而genome walking是针对基因组,你要先确定你要扩增的是什么!
植根于内心的修养;无需提醒的自觉;以约束为前提的自由;为别人着想的善良
2楼2014-03-20 16:30:16
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夏天的普洱茶

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 西门吹雪170 at 2014-03-20 16:30:16
RACE一般都是针对cDNA吧,而genome walking是针对基因组,你要先确定你要扩增的是什么!

我后期要做表达,应该是要DNA吧
3楼2014-03-20 16:33:20
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西门吹雪170

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 夏天的普洱茶 at 2014-03-20 16:33:20
我后期要做表达,应该是要DNA吧...

那应该是用RACE了
植根于内心的修养;无需提醒的自觉;以约束为前提的自由;为别人着想的善良
4楼2014-03-20 16:50:39
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夏天的普洱茶

木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 西门吹雪170 at 2014-03-20 16:50:39
那应该是用RACE了...

我不要cDNA啊,也要用RACE吗
5楼2014-03-20 17:01:32
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西门吹雪170

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 夏天的普洱茶 at 2014-03-20 17:01:32
我不要cDNA啊,也要用RACE吗...

要做表达的话就是拿cDNA作为模板啊!!!如果还有不懂建议问下你们实验室的师兄师姐,弄清楚表达的过程
植根于内心的修养;无需提醒的自觉;以约束为前提的自由;为别人着想的善良
6楼2014-03-20 17:06:58
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夏天的普洱茶

木虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 西门吹雪170 at 2014-03-20 17:06:58
要做表达的话就是拿cDNA作为模板啊!!!如果还有不懂建议问下你们实验室的师兄师姐,弄清楚表达的过程...

我用的是原核的菌,又没有内含子,为什么一定要用cDNA做模板扩增?
7楼2014-03-20 19:20:55
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西门吹雪170

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 夏天的普洱茶 at 2014-03-20 19:20:55
我用的是原核的菌,又没有内含子,为什么一定要用cDNA做模板扩增?...

我以为你是真核。。。。。。看楼下的建议,我做的是真核方面的
植根于内心的修养;无需提醒的自觉;以约束为前提的自由;为别人着想的善良
9楼2014-03-20 21:01:54
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oylb

禁言 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

10楼2014-03-20 22:30:56
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