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clavicle

铜虫 (小有名气)

[求助] 求助,16S rDNA测定了i两株菌的序列,大神们可以帮我分析下么?谢谢~! 已有5人参与

用到论文里,就是想交代清楚筛选出的到底是什么菌,生理生化没做,API太贵,老板不管买。。。实验室也没有条件做。
光靠序列能鉴别到什么程度呢?能不能构建系统进化树啊。。

第一个
CAACATTTTCCCCCCCCCTTTCCCGTAGCGTTGCTGCGCCACCGGACAGTATACTGCCCGACGGCTAACATTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTCAGCGTCAGTAATGGACCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCGAATATCTACGAATTTCACCTCTACACTCGGAATTCCACTTACCTCTTCCATACTCAAGATACCCAGTATCAAAGGCAGTTCCGCAGTTGAGCTGCGGGATTTCACCCCTGACTTAAATATCCGCCTACGTGCGCTTTACGCCCAGTAATTCCGAACAACGCTAGCCCCCTTCGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGAAGTTAGCCGGGGCTTCTTCTCCGACTACCGTCATTATCTTCATCGGTGAAAGAGCTTTACAACCCTAAGGCCTTCATCACTCACGCGGCATGGCTGGATCAGGCTTGCGCCCATTGTCCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTTTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCTGATCATCCTCTCAGACCAGCTATGGATCGTCGCCTTGGTAGGCCTTTACCCCACCAACTAGCTATTCCAACGCGGGCCAATCCTTCCCCGATAAAATCTTTCCCCCGTAGGGCGTATGCGGTATTAATTCCAGTTTCCCGGAGCTATTCCGCAGGAAAAGGGTATGTTCCCACGCGTTACTCAACCCGTTCTGCCACTCCCCTTTGCGGGGCGTTCTGACTTGCATGTGTTAAAGCCTGGCCGCT

第二个

GCGCATTGCGCTGCTTCGATACTGCGTGCCAATTGCACCCAACATCCAGTTCGCATCGTTTAGGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGTGCCTCAGTGTCAGTGTTGGTCCAGGTAGCTGCCTTCGCCATGGATGTTCCTCCTGATCTCTACGCATTTCACTGCTACACCAGGAATTCCGCTACCCTCTACCACACTCTAGTCGCCCAGTATCCACTGCAGTTCCCAGGTTGAGCCCAGGGCTTTCACAACGGACTTAAACGACCACCTACGCACGCTTTACGCCCAGTAATTCCGAGTAACGCTTGCACCCTTCGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGAAGTTAGCCGGTGCTTATTCTTTGGGTACCGTCATCCCAACCGGGTATTAGCCAGCTGGATTTCTTTCCCAACAAAAGGGCTTTACAACCCGAAGGCCTTCTTCACCCACGCGGTATGGCTGGATCAGGCTTGCGCCCATTGTCCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGATCATCCTCTCAGACCAGCTACGGATCGTCGCCTTGGTGGGCCTTTACCCCGCCAACTAGCTAATCCGACATCGGCTCATTCAATCGCGCAAGGTCCGAAGATCCCCTGCTTTCACCCGTAGGTCGTATGCGGTATTAGCGTAAGTTTCCCTACGTTATCCCCCACGACAGAGTAGATTCCGATGTATTCCTCACCCGTCCGCCACTCGCCACCCAGGGAGCAAGCTCCTCTGTGCTGCCGTTCGACTTGCATGTGTTAGGCCTACCGCCAGCGTTTCACTCTGAGCCAGGATTCAAAACTTCTGACG
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向日葵只在白天才能仰起头来
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ctt1984

木虫 (正式写手)

初学者

引用回帖:
8楼: Originally posted by clavicle at 2014-03-14 10:05:17
我按照比对的序列,筛选比对的微生物序列来做么?还是要选一些代表性的啊?...

根据你的实验目的来,都可以的
好好做事,踏实做人!
9楼2014-03-14 11:15:45
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查看全部 15 个回答

王贤卓

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
clavicle: 金币+1, 有帮助 2014-03-13 13:06:03
   你先拿到NCBI网站序列比对,获得大概信息
3楼2014-03-13 08:57:36
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
clavicle: 金币+1 2014-03-13 13:06:11
只是鉴定什么菌的话,简单点就是16S 测序后 blast, 分子水平上最NB,别人最无话可说的就是DNA-DNA杂交啊,做那么多生理生化实验干嘛。。。
如果你要鉴定新种,那就麻烦啦
4楼2014-03-13 10:41:39
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clavicle

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by dllchina at 2014-03-13 10:41:39
只是鉴定什么菌的话,简单点就是16S 测序后 blast, 分子水平上最NB,别人最无话可说的就是DNA-DNA杂交啊,做那么多生理生化实验干嘛。。。
如果你要鉴定新种,那就麻烦啦

只有16S可以做进化树么?要做到什么程度才算是合格的进化树?大神能帮帮忙么?
向日葵只在白天才能仰起头来
5楼2014-03-13 13:05:53
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