应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 求助，16S rDNA测定了i两株菌的序列，大神们可以帮我分析下么？谢谢~！
51/1返回列表
查看: 2309  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

clavicle

铜虫 (小有名气)

[求助] 求助，16S rDNA测定了i两株菌的序列，大神们可以帮我分析下么？谢谢~！ 已有5人参与

用到论文里，就是想交代清楚筛选出的到底是什么菌，生理生化没做，ＡＰＩ太贵，老板不管买。。。实验室也没有条件做。
光靠序列能鉴别到什么程度呢？能不能构建系统进化树啊。。

第一个
CAACATTTTCCCCCCCCCTTTCCCGTAGCGTTGCTGCGCCACCGGACAGTATACTGCCCGACGGCTAACATTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTCAGCGTCAGTAATGGACCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCGAATATCTACGAATTTCACCTCTACACTCGGAATTCCACTTACCTCTTCCATACTCAAGATACCCAGTATCAAAGGCAGTTCCGCAGTTGAGCTGCGGGATTTCACCCCTGACTTAAATATCCGCCTACGTGCGCTTTACGCCCAGTAATTCCGAACAACGCTAGCCCCCTTCGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGAAGTTAGCCGGGGCTTCTTCTCCGACTACCGTCATTATCTTCATCGGTGAAAGAGCTTTACAACCCTAAGGCCTTCATCACTCACGCGGCATGGCTGGATCAGGCTTGCGCCCATTGTCCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTTTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCTGATCATCCTCTCAGACCAGCTATGGATCGTCGCCTTGGTAGGCCTTTACCCCACCAACTAGCTATTCCAACGCGGGCCAATCCTTCCCCGATAAAATCTTTCCCCCGTAGGGCGTATGCGGTATTAATTCCAGTTTCCCGGAGCTATTCCGCAGGAAAAGGGTATGTTCCCACGCGTTACTCAACCCGTTCTGCCACTCCCCTTTGCGGGGCGTTCTGACTTGCATGTGTTAAAGCCTGGCCGCT

第二个

GCGCATTGCGCTGCTTCGATACTGCGTGCCAATTGCACCCAACATCCAGTTCGCATCGTTTAGGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGTGCCTCAGTGTCAGTGTTGGTCCAGGTAGCTGCCTTCGCCATGGATGTTCCTCCTGATCTCTACGCATTTCACTGCTACACCAGGAATTCCGCTACCCTCTACCACACTCTAGTCGCCCAGTATCCACTGCAGTTCCCAGGTTGAGCCCAGGGCTTTCACAACGGACTTAAACGACCACCTACGCACGCTTTACGCCCAGTAATTCCGAGTAACGCTTGCACCCTTCGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGAAGTTAGCCGGTGCTTATTCTTTGGGTACCGTCATCCCAACCGGGTATTAGCCAGCTGGATTTCTTTCCCAACAAAAGGGCTTTACAACCCGAAGGCCTTCTTCACCCACGCGGTATGGCTGGATCAGGCTTGCGCCCATTGTCCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGATCATCCTCTCAGACCAGCTACGGATCGTCGCCTTGGTGGGCCTTTACCCCGCCAACTAGCTAATCCGACATCGGCTCATTCAATCGCGCAAGGTCCGAAGATCCCCTGCTTTCACCCGTAGGTCGTATGCGGTATTAGCGTAAGTTTCCCTACGTTATCCCCCACGACAGAGTAGATTCCGATGTATTCCTCACCCGTCCGCCACTCGCCACCCAGGGAGCAAGCTCCTCTGTGCTGCCGTTCGACTTGCATGTGTTAGGCCTACCGCCAGCGTTTCACTCTGAGCCAGGATTCAAAACTTCTGACG
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
向日葵只在白天才能仰起头来
1楼 2014-03-13 00:09:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

clavicle

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by ctt1984 at 2014-03-13 15:30:07
第一个： Agrobacterium tumefaciens strain
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#alnHdr_161172602

第二个：Stenotrophomonas maltophilia
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#alnHdr_253994666
...

我按照比对的序列，筛选比对的微生物序列来做么？还是要选一些代表性的啊？
赞一下 回复此楼
向日葵只在白天才能仰起头来
8楼2014-03-14 10:05:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 15 个回答

王贤卓

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
clavicle: 金币+1, ★有帮助 2014-03-13 13:06:03
　　　你先拿到ＮＣＢＩ网站序列比对，获得大概信息
赞一下 回复此楼
3楼2014-03-13 08:57:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
clavicle: 金币+1 2014-03-13 13:06:11
只是鉴定什么菌的话，简单点就是16S 测序后 blast, 分子水平上最NB，别人最无话可说的就是DNA-DNA杂交啊，做那么多生理生化实验干嘛。。。
如果你要鉴定新种，那就麻烦啦
赞一下 回复此楼
4楼2014-03-13 10:41:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

clavicle

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dllchina at 2014-03-13 10:41:39
只是鉴定什么菌的话，简单点就是16S 测序后 blast, 分子水平上最NB，别人最无话可说的就是DNA-DNA杂交啊，做那么多生理生化实验干嘛。。。
如果你要鉴定新种，那就麻烦啦

只有16S可以做进化树么？要做到什么程度才算是合格的进化树？大神能帮帮忙么？
赞一下 回复此楼
向日葵只在白天才能仰起头来
5楼2014-03-13 13:05:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 15 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭