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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 求助，16S rDNA测定了i两株菌的序列，大神们可以帮我分析下么？谢谢~！
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clavicle

铜虫 (小有名气)

[求助] 求助，16S rDNA测定了i两株菌的序列，大神们可以帮我分析下么？谢谢~！ 已有5人参与

用到论文里，就是想交代清楚筛选出的到底是什么菌，生理生化没做，ＡＰＩ太贵，老板不管买。。。实验室也没有条件做。
光靠序列能鉴别到什么程度呢？能不能构建系统进化树啊。。

第一个
CAACATTTTCCCCCCCCCTTTCCCGTAGCGTTGCTGCGCCACCGGACAGTATACTGCCCGACGGCTAACATTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTCAGCGTCAGTAATGGACCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCGAATATCTACGAATTTCACCTCTACACTCGGAATTCCACTTACCTCTTCCATACTCAAGATACCCAGTATCAAAGGCAGTTCCGCAGTTGAGCTGCGGGATTTCACCCCTGACTTAAATATCCGCCTACGTGCGCTTTACGCCCAGTAATTCCGAACAACGCTAGCCCCCTTCGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGAAGTTAGCCGGGGCTTCTTCTCCGACTACCGTCATTATCTTCATCGGTGAAAGAGCTTTACAACCCTAAGGCCTTCATCACTCACGCGGCATGGCTGGATCAGGCTTGCGCCCATTGTCCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTTTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCTGATCATCCTCTCAGACCAGCTATGGATCGTCGCCTTGGTAGGCCTTTACCCCACCAACTAGCTATTCCAACGCGGGCCAATCCTTCCCCGATAAAATCTTTCCCCCGTAGGGCGTATGCGGTATTAATTCCAGTTTCCCGGAGCTATTCCGCAGGAAAAGGGTATGTTCCCACGCGTTACTCAACCCGTTCTGCCACTCCCCTTTGCGGGGCGTTCTGACTTGCATGTGTTAAAGCCTGGCCGCT

第二个

GCGCATTGCGCTGCTTCGATACTGCGTGCCAATTGCACCCAACATCCAGTTCGCATCGTTTAGGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGTGCCTCAGTGTCAGTGTTGGTCCAGGTAGCTGCCTTCGCCATGGATGTTCCTCCTGATCTCTACGCATTTCACTGCTACACCAGGAATTCCGCTACCCTCTACCACACTCTAGTCGCCCAGTATCCACTGCAGTTCCCAGGTTGAGCCCAGGGCTTTCACAACGGACTTAAACGACCACCTACGCACGCTTTACGCCCAGTAATTCCGAGTAACGCTTGCACCCTTCGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGAAGTTAGCCGGTGCTTATTCTTTGGGTACCGTCATCCCAACCGGGTATTAGCCAGCTGGATTTCTTTCCCAACAAAAGGGCTTTACAACCCGAAGGCCTTCTTCACCCACGCGGTATGGCTGGATCAGGCTTGCGCCCATTGTCCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGATCATCCTCTCAGACCAGCTACGGATCGTCGCCTTGGTGGGCCTTTACCCCGCCAACTAGCTAATCCGACATCGGCTCATTCAATCGCGCAAGGTCCGAAGATCCCCTGCTTTCACCCGTAGGTCGTATGCGGTATTAGCGTAAGTTTCCCTACGTTATCCCCCACGACAGAGTAGATTCCGATGTATTCCTCACCCGTCCGCCACTCGCCACCCAGGGAGCAAGCTCCTCTGTGCTGCCGTTCGACTTGCATGTGTTAGGCCTACCGCCAGCGTTTCACTCTGAGCCAGGATTCAAAACTTCTGACG
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向日葵只在白天才能仰起头来
1楼 2014-03-13 00:09:28
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clavicle

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dllchina at 2014-03-13 10:41:39
只是鉴定什么菌的话，简单点就是16S 测序后 blast, 分子水平上最NB，别人最无话可说的就是DNA-DNA杂交啊，做那么多生理生化实验干嘛。。。
如果你要鉴定新种，那就麻烦啦

只有16S可以做进化树么？要做到什么程度才算是合格的进化树？大神能帮帮忙么？
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向日葵只在白天才能仰起头来
5楼2014-03-13 13:05:53
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clavicle

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by ctt1984 at 2014-03-13 15:30:07
第一个： Agrobacterium tumefaciens strain
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#alnHdr_161172602

第二个：Stenotrophomonas maltophilia
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#alnHdr_253994666
...

我按照比对的序列，筛选比对的微生物序列来做么？还是要选一些代表性的啊？
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向日葵只在白天才能仰起头来
8楼2014-03-14 10:05:17
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clavicle

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by liuhaolin3 at 2014-03-14 20:13:50
首先恭喜您，你的第一株菌肯定是新种，第二株不太确定，如果需要我帮助，请给我联系，我的邮箱liuhaolin3@163.com

我想做下进一步的鉴定。请问您那边是什么业务啊？
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向日葵只在白天才能仰起头来
11楼2014-03-15 19:48:20
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clavicle

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by 周游1166 at 2014-03-16 18:08:52
其实我想给你说的是 单单16S是不能确定分类地位的 因为NCBI数据库里有不少菌的分类地位不是正确的  而且16S不够特异

n那我能通过16S得到什么结论啊。。

我这种菌对某种矿物表面改性的效果很好，所以进行了大量的后续研究，现在需要讨论下它到底是什么菌种。。还要做哪些测试么？
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向日葵只在白天才能仰起头来
14楼2014-03-17 16:25:00
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