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圣迭戈

铜虫 (小有名气)

[求助] 大神请进,定量PCR的阈值问题 已有3人参与

我发现阈值调高调低,最终的基因拷贝数会有很大的变化啊。那么阈值到底应该是以什么标准来调整?到多少合适?
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atlanticwi

金虫 (正式写手)

琴美喜欢发呆 不喜欢发脾气

............
    这个东西一般机子会自己根据公式来算,你最好不要自己调着玩.............
Let God do with it as He wills
2楼2014-03-07 10:16:42
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wangweijian

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
圣迭戈: 金币+10, 有帮助 2014-03-16 10:27:57
高于荧光背景信号,也就是对数增长期刚开始时。
3楼2014-03-07 12:25:24
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-03-08 09:34:14
圣迭戈: 金币+50, ★★★很有帮助 2014-03-16 10:27:19
让软件自动选就可以了,一般是第3到第15个循环的荧光信号的标准偏差的十倍。手动调的话,当然不可能去算那个标准差,只要选在指数扩增开始阶段就好了。虽然调整阈值会让Ct值也跟着变动,但这个变化是所有的Ct值都跟着变的,各个Ct值之间的差异还是一样的。也就是说,只要阈值设置是在指数扩增区,调大点或者小点,最终的定量结果是差不多的。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2014-03-08 00:51:20
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-03-08 09:34:45
圣迭戈: 金币+10, 有帮助 2014-03-16 10:27:38
一般都是机器自己选择阈值,也可以自己调,阈值调整一般在对数升高期初始开始设置。
hehe
5楼2014-03-08 08:52:18
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圣迭戈

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 西瓜 at 2014-03-08 00:51:20
让软件自动选就可以了,一般是第3到第15个循环的荧光信号的标准偏差的十倍。手动调的话,当然不可能去算那个标准差,只要选在指数扩增开始阶段就好了。虽然调整阈值会让Ct值也跟着变动,但这个变化是所有的Ct值都跟 ...

我一开始也是用软件默认的阈值。后来发现在指数区稍微调大调小一点,最后的定量结果在同一个数量级上会差很多啊,比如都是10^7,前面的数字可能会从2.0到8.0都可能。感觉不靠谱啊。
6楼2014-03-09 10:41:42
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g0945111

木虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 西瓜 at 2014-03-08 00:51:20
让软件自动选就可以了,一般是第3到第15个循环的荧光信号的标准偏差的十倍。手动调的话,当然不可能去算那个标准差,只要选在指数扩增开始阶段就好了。虽然调整阈值会让Ct值也跟着变动,但这个变化是所有的Ct值都跟 ...

可是我还是有个问题,那既然阈值可以调-这样对应的Ct值就会不同,出来的定量结果就会不一样,我们最终定量的意义不就在于看看这个模板到底有多少拷贝数,这个值肯定是一定的呀。那我们出来的结果怎么对比,是说多少个循环对应下的它的拷贝数是多少这样来比较么?若果所有的机器每次设定的阈值一个定值这个结果就确实有可比性,但这个可能性不大吧,每个设定的阈值是不一样的。求赐教这个问题!谢谢
7楼2016-09-13 10:51:45
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