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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 大神请进，定量PCR的阈值问题
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圣迭戈

铜虫 (小有名气)

[求助] 大神请进，定量PCR的阈值问题 已有3人参与

我发现阈值调高调低，最终的基因拷贝数会有很大的变化啊。那么阈值到底应该是以什么标准来调整？到多少合适？
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1楼 2014-03-07 09:17:27
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atlanticwi

金虫 (正式写手)

琴美喜欢发呆 不喜欢发脾气
............
    这个东西一般机子会自己根据公式来算，你最好不要自己调着玩.............
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Let God do with it as He wills
2楼2014-03-07 10:16:42
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wangweijian

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
圣迭戈: 金币+10, ★有帮助 2014-03-16 10:27:57
高于荧光背景信号，也就是对数增长期刚开始时。
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3楼2014-03-07 12:25:24
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-03-08 09:34:14
圣迭戈: 金币+50, ★★★很有帮助 2014-03-16 10:27:19
让软件自动选就可以了，一般是第3到第15个循环的荧光信号的标准偏差的十倍。手动调的话，当然不可能去算那个标准差，只要选在指数扩增开始阶段就好了。虽然调整阈值会让Ct值也跟着变动，但这个变化是所有的Ct值都跟着变的，各个Ct值之间的差异还是一样的。也就是说，只要阈值设置是在指数扩增区，调大点或者小点，最终的定量结果是差不多的。
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g0945111
4楼2014-03-08 00:51:20
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-03-08 09:34:45
圣迭戈: 金币+10, ★有帮助 2014-03-16 10:27:38
一般都是机器自己选择阈值，也可以自己调，阈值调整一般在对数升高期初始开始设置。
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hehe
5楼2014-03-08 08:52:18
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圣迭戈

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 西瓜 at 2014-03-08 00:51:20
让软件自动选就可以了，一般是第3到第15个循环的荧光信号的标准偏差的十倍。手动调的话，当然不可能去算那个标准差，只要选在指数扩增开始阶段就好了。虽然调整阈值会让Ct值也跟着变动，但这个变化是所有的Ct值都跟 ...

我一开始也是用软件默认的阈值。后来发现在指数区稍微调大调小一点，最后的定量结果在同一个数量级上会差很多啊，比如都是10^7，前面的数字可能会从2.0到8.0都可能。感觉不靠谱啊。
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6楼2014-03-09 10:41:42
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g0945111

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 西瓜 at 2014-03-08 00:51:20
让软件自动选就可以了，一般是第3到第15个循环的荧光信号的标准偏差的十倍。手动调的话，当然不可能去算那个标准差，只要选在指数扩增开始阶段就好了。虽然调整阈值会让Ct值也跟着变动，但这个变化是所有的Ct值都跟 ...

可是我还是有个问题，那既然阈值可以调-这样对应的Ct值就会不同，出来的定量结果就会不一样，我们最终定量的意义不就在于看看这个模板到底有多少拷贝数，这个值肯定是一定的呀。那我们出来的结果怎么对比，是说多少个循环对应下的它的拷贝数是多少这样来比较么？若果所有的机器每次设定的阈值一个定值这个结果就确实有可比性，但这个可能性不大吧，每个设定的阈值是不一样的。求赐教这个问题！谢谢
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7楼2016-09-13 10:51:45
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