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shiyiyaya

金虫 (正式写手)

[求助] 克隆失败原因:NdeI+KpnI? 已有4人参与

现有:
15K质粒pA,NdeI+KpnI双酶切之后产生11K+4K(回收11K做载体);
6.7K质粒pB,NdeI+KpnI双酶切之后产生4K+2.7K(回收4K做外源DNA);

连接回收的11K和4K。

结果失败:经多种方案鉴定,转化长出来的重组子都是质粒pB.

我已经尝试单酶切*2次、PCR扩增4K片段,重新转化质粒,挑单克隆再继续…都不行。感觉就像pB没有切干净。

请问虫友,可否遇到类似情况?NdeI+KpnI,这两个酶的活性就是低吗?

谢谢帮忙!
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ifyousee

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
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shiyiyaya: 金币+2, 有帮助 2014-03-06 08:15:32
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-03-06 12:38:57
既然你都切开了,那就是连接酶的问题。不知道你这个质粒的抗性如何。
此外,没图没真相啊。建议你跑一个pB没有酶切的,pB单酶切,pB双酶切的对比一下
既然出现两条带,不太可能是没切干净,感觉。
还有内切酶不行的话换个牌子的内切酶试一下。但是个人觉得你用的那个牌子的内切酶还是很强悍的。我构建过3个载体,都是用Fe***的。
有一点我很好奇,为啥你内切酶用Fe****的,连接酶用N**的。

质粒有没有切干净我个人感觉看电泳图就能说明问题。我质粒单酶切都是单一条带,没有切过的质粒都是2-3条带。

另外你说都是重组子pB,这个结论你是怎么得出来的??测序验证?PCR检验?
质粒、RNA跑电泳的话marker纯粹仅仅作为参照,并不能绝对反映出质粒或是RNA的真实大小!!
6楼2014-03-05 23:51:51
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三蛰

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-03-05 22:48:14
shiyiyaya: 金币+2, 有帮助 2014-03-05 23:02:49
shiyiyaya: 金币+2, 有帮助 2014-03-06 20:28:28
酶切的话,不存在那种酶的酶活性问题,有的只是不同厂家的酶质量问题,另外存放等影响因素。当然操作时添加适当的量也是相当重要的。我觉得你说说你的酶切和连接具体操作会有助于大家对你进行分析。
我不会!
2楼2014-03-05 20:19:38
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-03-05 22:48:20
shiyiyaya: 金币+2, 有帮助 2014-03-05 22:53:18
建议你换换新酶分别酶切,每次酶切跑个胶看看有没有切完全,转化时加一个酶切对照看看有没有菌生长,没长说明切完全,长了但比连接产物少很多表明还可以挑选出阳性菌。
hehe
3楼2014-03-05 20:54:57
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shiyiyaya

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by lvbobo823 at 2014-03-05 20:54:57
建议你换换新酶分别酶切,每次酶切跑个胶看看有没有切完全,转化时加一个酶切对照看看有没有菌生长,没长说明切完全,长了但比连接产物少很多表明还可以挑选出阳性菌。

我试过。双酶切之后,电泳时明显切开两条带。与未酶切的质粒一起跑,条带大小明显不同,只是有一条与4K大小类似。
取4k片段直接转化,也长出来过,鉴定之后也是原来的质粒,7K左右。
我还是怀疑有一些酶切干净的质粒再里面,可是我降低质粒量,增加酶切时间等等,都不成。
未解啊!
4楼2014-03-05 22:53:08
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