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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Multiwfn » 做电子密度差图时如何选择差分对象并进行分析？
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youyno

银虫 (正式写手)

[求助] 做电子密度差图时如何选择差分对象并进行分析？ 已有1人参与

最近在用Multiwfn做电子密度差分图，在差分时我直接用分子减去组成原子的电子密度，比如ClF3,中间红色的是负值外围蓝色是正值，图做出来了之后我却怎样分析其成键与否的问题？也就是说我们究竟应该如何选取差分对象来分析两种元素之间是否成键？
做电子密度差图时如何选择差分对象并进行分析？
DISLIN_3.PNG
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平生多磨砺，男儿自横行！
1楼 2014-03-01 11:22:41
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zhou2009

版主 (著名写手)
★ ★
gkf高: 金币+2 2014-03-01 20:24:55
如果这个图是xy坐标，你确定是在y=0处作的截面吗？
在y=0处作的截面才能包含3个Cl-F键。
现在的图让我感到是截到了y不为0时的，是3个F的孤对电子。

[ Last edited by zhou2009 on 2014-3-1 at 17:34 ]
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2楼2014-03-01 15:23:56
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+3 2014-03-01 23:15:43
youyno: 金币+12, ★★★很有帮助 2014-03-02 00:48:17
你的图作得不对。估计你是手动将整体波函数依次减去原子波函数文件作的图，肯定原子波函数文件里的坐标（XYZ=0. 0. 0.)和整体的坐标不对应。
应参见此文第六节的做法去作这种图
http://hi.baidu.com/sobereva/item/96eaeb5dd1b12309e7c4a5c1
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3楼2014-03-01 21:53:20
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youyno

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by sobereva at 2014-03-01 21:53:20
你的图作得不对。估计你是手动将整体波函数依次减去原子波函数文件作的图，肯定原子波函数文件里的坐标（XYZ=0. 0. 0.)和整体的坐标不对应。
应参见此文第六节的做法去作这种图
http://hi.baidu.com/sobereva/ite ...

我照着上面所说直接调用examples的波函数生成好像没有相减的过程，是否进入主界面按了4之后再输入-2，加载所需的原子波函数文件的过程中就已经做差了。下面是我做出的图，是否正确？谢谢大牛评判？如果正确，还请帮忙分析一下图中所包含的的信息！
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平生多磨砺，男儿自横行！
4楼2014-03-02 10:25:43
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youyno

银虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by youyno at 2014-03-02 10:25:43
我照着上面所说直接调用examples的波函数生成好像没有相减的过程，是否进入主界面按了4之后再输入-2，加载所需的原子波函数文件的过程中就已经做差了。下面是我做出的图，是否正确？谢谢大牛评判？如果正确，还请帮 ...

刚刚没传好
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    • 2014-03-02 10:27:18, 48.73 K
平生多磨砺，男儿自横行！
5楼2014-03-02 10:28:12
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

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★ ★ ★
gkf高: 金币+3 2014-03-02 17:50:13
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4楼: Originally posted by youyno at 2014-03-02 10:25:43
我照着上面所说直接调用examples的波函数生成好像没有相减的过程，是否进入主界面按了4之后再输入-2，加载所需的原子波函数文件的过程中就已经做差了。下面是我做出的图，是否正确？谢谢大牛评判？如果正确，还请帮 ...

这样是正确的。程序自动已经做了相减，免得用户去一步一步输入要去减哪些原子波函数文件了。
橙色是电子密度增加的部分，出现在了Cl-F之间，表现了一定共价性。但是如果你用这样的方法去考察典型的共价键，会发现Cl-F之间密度增加部分并不大，也暗示了共价性很弱。实际上Cl-F的这种键称为电荷转移键，不是纯粹的共价键。同时从图中还看到F在垂直于键轴方向上密度增加了，这对应于成键后F呈现出了孤对电子（如果作成等值面图，会看到一个环形）。
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6楼2014-03-02 11:21:25
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youyno

银虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by sobereva at 2014-03-02 11:21:25
这样是正确的。程序自动已经做了相减，免得用户去一步一步输入要去减哪些原子波函数文件了。
橙色是电子密度增加的部分，出现在了Cl-F之间，表现了一定共价性。但是如果你用这样的方法去考察典型的共价键，会发现 ...

我自己装了高斯09之后，按照帖子上所说的更改了gaupath的路径到g09.exe所在的文件夹（注意到了不是g09w），但是在Multiwfn在调用高斯是却出现了错误，显示没有可执行的l1.exe,但是我所装的高斯里面确实有这个文件啊！是在是很伤神！再次麻烦你帮忙解答！下面有报错的具体截图
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    • 2014-03-03 20:42:07, 21.32 K
平生多磨砺，男儿自横行！
7楼2014-03-03 20:43:08
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
引用回帖:
7楼: Originally posted by youyno at 2014-03-03 20:43:08
我自己装了高斯09之后，按照帖子上所说的更改了gaupath的路径到g09.exe所在的文件夹（注意到了不是g09w），但是在Multiwfn在调用高斯是却出现了错误，显示没有可执行的l1.exe,但是我所装的高斯里面确实有这个文件啊 ...

如手册第二页的"用户必读"第4点所述，出现这个问题说明高斯环境变量没设定，需要按照手册附录1的方法设定环境变量来解决。
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8楼2014-03-03 21:59:44
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