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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】请教关于电子密度分布图的问题
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yangyingwe

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】请教关于电子密度分布图的问题 已有3人参与

请教哪位高手，如何将MS中的电子密度分布图保存为论文中可以用的平面电子密度分布图，而且要美观的那种，大家帮帮忙呀，谢谢哦
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1楼 2010-06-07 10:40:39
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zzgyb

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫警察局局长

优秀版主

MS中如何做二维电子密度图

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
gavinliu7390(金币+3):谢谢交流！ 2010-06-07 22:39:43
xiaohunhun(金币+3):谢谢 2010-06-08 15:54:37
1、首先计算出电子密度，这个不用讲了；
2、然后，选中3D原子文件，分析，选电子密度，同时选上等值面；
3、先save－－>.grd文件。
它的文件格式为：
a b c Charge
1 1 1 20.4291333179468
2 1 1 21.703304660858524
3 1 1 25.528902136817084
4 1 1 31.530000049221105
5 1 1 39.074431775541491
6 1 1 46.869700929673286
....................................................
4、这时候你如果import的话，就会看见电子密度图了。
5、下面就到问题的关键了，用MATLAB转换绘图。
1）从上面的文件内容我们可以知道，其内容格式十分整齐，就是a b c 坐标然后跟着该点上的电荷密度，而且坐标都是整数。
比如计算的材料是正交系的，三个角都是直角，而且a b c的值都是1到45，你就可以可以偷懒。
2）数据的输入及转换
在MATLAB中，用csvread先读入电子密度，设为V;
再重整：V=RESHAPE(v,45,45,45)；

3）坐标点的整理
先在MS中确定用a面，就是b,c面，和a轴垂直的，那个面（100），得到一组
normal和 position属性，position假定为3.17
然后mesh格点：

[sy,sz]=meshgrid(1:45,1:45)
sx=zeros(45,45)+3.17
这样数据就整理好了。
4）绘图
绘图：
contourslice(V,sx,sy,sz)

[ Last edited by zzgyb on 2010-6-8 at 12:28 ]
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2楼2010-06-07 11:31:01
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yangyingwe

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by zzgyb at 2010-06-07 11:31:01:
1、首先计算出电子密度，这个不用讲了；
2、然后，选中3D原子文件，分析，选电子密度，同时选上等值面；
3、先save－－>好像和acridine兄说的不同，没有发现有.grd文件，但是目录中会多出一个.charg_frm文件 ...

非常感谢，谢谢啦
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3楼2010-06-08 09:00:54
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guolianshun

铜虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by yangyingwe at 2010-06-08 09:00:54:
非常感谢，谢谢啦

你好看懂了吗，怎么选择等值面呀？谢谢
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4楼2011-09-23 16:56:17
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guolianshun

铜虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by zzgyb at 2010-06-07 11:31:01:
1、首先计算出电子密度，这个不用讲了；
2、然后，选中3D原子文件，分析，选电子密度，同时选上等值面；
3、先save－－>.grd文件。
它的文件格式为：
a b c Charge
1 1 1 20.4291333179468
2 1 1 21.70 ...

怎么选择等值面呀？谢谢
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5楼2011-09-23 16:58:58
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