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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » neb过渡态收敛问题
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cumt蝈蝈

木虫 (正式写手)

[交流] neb过渡态收敛问题

最近再算neb，希望能得到反映的能垒，可总是不收敛，下面是我的INCAR，期望有经验的虫友能给一下指导！
我算的是slab上的反应，不知道在得到中间态images后可不可以将slab全部固定？
SYSTEM = system
ENCUT  = 380
ISTART = 0; ICHARG = 2
ISMEAR = 1; SIGMA  = 0.18
NSW    = 100
IBRION = 1
NELMIN = 5
EDIFF  = 1E-4
EDIFFG = -0.05
ALGO   = Fast
PREC   = Accurate
LWAVE  = .FALSE.
LCHARG = .FALSE.
LREAL  = Auto
IMAGES = 5
SPRING = -5
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1楼 2014-02-12 08:31:59
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cavediger

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
cumt蝈蝈: 金币+10, 非常感谢！ 2014-02-14 08:27:27
如果忽略反应过程中表面变化的影响，完全可以把表面固定。
怎么个不收敛法你没有讲清楚，下面情况可参考：
1.如果搜索过程变化是合理的，增加搜索次数；
2.如果搜索过程变化不合理，image结构乱了，说明插入的初始结构有问题，搜索过渡态前，一定要看一下插入结构的合理性，中间的各个image是在反应物和产物之间做线性插值得到的，有时候会不合理，譬如会出现原子间距离过近等，这是一定要手动微调一下。别期望随便插个结构就能收敛到过渡态去，尤其VASP自带的NEB方法。
3.如果自己能编译，建议把Henkelmann后来写的搜索过渡态的code编进去，用其中的CNEB方法搜索过渡态，命中率更高。

[ Last edited by cavediger on 2014-2-13 at 12:08 ]
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4楼2014-02-13 12:07:19
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普通回帖

userhung

禁虫 (文学泰斗)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
cumt蝈蝈: 金币+1 2014-02-13 07:49:22
帮顶，blessing, blessing, blessing ! ~~~
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2楼2014-02-12 08:51:18
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cumt蝈蝈

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by userhung at 2014-02-12 08:51:18
帮顶，blessing, blessing, blessing ! ~~~

谢谢帮顶！
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3楼2014-02-13 07:48:53
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cumt蝈蝈

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by cavediger at 2014-02-13 12:07:19
如果忽略反应过程中表面变化的影响，完全可以把表面固定。
怎么个不收敛法你没有讲清楚，下面情况可参考：
1.如果搜索过程变化是合理的，增加搜索次数；
2.如果搜索过程变化不合理，image结构乱了，说明插入的初 ...

非常感谢你的回复！
1.确实刚开始自动生成的插入结构有些是不合理的，凭自己的感觉我也做了一些调整，可结果还是不理想。
2.image的个数是越多越容易收敛吧，一般的几个比较合适？5 or 7？
3.我也尝试了在自己的账号下安装vasp5.2，然后再将CNEB方法编译进去，可是vasp5.2总是安装不上，不知道这位仁兄安装过没有，恳求指导一二！
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5楼2014-02-14 08:38:56
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cavediger

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by cumt蝈蝈 at 2014-02-14 08:38:56
非常感谢你的回复！
1.确实刚开始自动生成的插入结构有些是不合理的，凭自己的感觉我也做了一些调整，可结果还是不理想。
2.image的个数是越多越容易收敛吧，一般的几个比较合适？5 or 7？
3.我也尝试了在自己的 ...

1.追查一下，看看从哪步结构开始变坏的，将其前面的结构CP到POSCAR，重新搜索TS
2.没有看到image越多越易收敛的说法，我自己一般取5个，计算资源有限
3.没有在自己账号下编过，都是root身份编的，这里有个5.3版的编译，你可参考一下：http://blog.sciencenet.cn/blog-100989-717066.html

[ Last edited by cavediger on 2014-2-15 at 18:17 ]
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6楼2014-02-15 18:16:39
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cumt蝈蝈

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by cavediger at 2014-02-13 12:07:19
如果忽略反应过程中表面变化的影响，完全可以把表面固定。
怎么个不收敛法你没有讲清楚，下面情况可参考：
1.如果搜索过程变化是合理的，增加搜索次数；
2.如果搜索过程变化不合理，image结构乱了，说明插入的初 ...

如果把表面固定的话，是在images插入之前固定吧？
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7楼2014-02-20 08:57:32
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cavediger

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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7楼: Originally posted by cumt蝈蝈 at 2014-02-20 08:57:32
如果把表面固定的话，是在images插入之前固定吧？...

无所谓，如果你插入image前加F，插入的结构自动带入；如果插入image前没有固定，那就要逐个修改插入的结构文件
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8楼2014-02-20 16:34:45
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cumt蝈蝈

木虫 (正式写手)
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8楼: Originally posted by cavediger at 2014-02-20 16:34:45
无所谓，如果你插入image前加F，插入的结构自动带入；如果插入image前没有固定，那就要逐个修改插入的结构文件...

结果有点差别，但好像不大，每个插入的images能量差都不到0.1。但有个问题，最后任务计算完时，输出的结果“reached required accuracy - stopping structural energy minimisation
”是按image1来得。难道image1收敛了，其他也就收敛了，也不对啊？
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9楼2014-02-24 16:36:27
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cavediger

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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9楼: Originally posted by cumt蝈蝈 at 2014-02-24 16:36:27
结果有点差别，但好像不大，每个插入的images能量差都不到0.1。但有个问题，最后任务计算完时，输出的结果“reached required accuracy - stopping structural energy minimisation
”是按image1来得。难道image1 ...

你理解的可能有误，NEB收敛是指那个能量函数，你找篇关于NEB的文献看看
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10楼2014-02-25 13:59:47
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cumt蝈蝈

木虫 (正式写手)
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6楼: Originally posted by cavediger at 2014-02-15 18:16:39
1.追查一下，看看从哪步结构开始变坏的，将其前面的结构CP到POSCAR，重新搜索TS
2.没有看到image越多越易收敛的说法，我自己一般取5个，计算资源有限
3.没有在自己账号下编过，都是root身份编的，这里有个 ...

如何判断从哪步结构开始变坏，仅是通过观察吗？还是有其他标准？
计算时初态和末态要固定所有原子吗？
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11楼2014-02-25 21:45:32
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cavediger

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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11楼: Originally posted by cumt蝈蝈 at 2014-02-25 21:45:32
如何判断从哪步结构开始变坏，仅是通过观察吗？还是有其他标准？
计算时初态和末态要固定所有原子吗？...

“结构开始变坏”是指已经不再沿可能路径变化了，这需要经验，其实也简单，说穿了就是显示一下中间结构，看看是否偏离了可能的路径，是否有其他标准不知道。
NEB时，反应物和产物中的原子本来就是不动的
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12楼2014-03-05 16:26:29
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刘小伟110

木虫 (小有名气)
★
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4楼: Originally posted by cavediger at 2014-02-13 12:07:19
如果忽略反应过程中表面变化的影响，完全可以把表面固定。
怎么个不收敛法你没有讲清楚，下面情况可参考：
1.如果搜索过程变化是合理的，增加搜索次数；
2.如果搜索过程变化不合理，image结构乱了，说明插入的初 ...

在初态和末态之间插点，如果没有找到过渡态，继续插点的话，是在原先的POSCAR之间插点，还是在OUTCAR之间插点呢？
还有就是判断是不是过渡态的标准是什么，会不会每一次插点的最高能量都要算虚频呢？
期待您回复
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13楼2014-04-03 20:22:29
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