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小木虫刘树青

木虫 (著名写手)

夜未眠

[求助] 一个基因表达多种mRNA,如何选择一种mRNA来检测这个基因的表达量? 已有3人参与

一般来说,研究一个基因的表达水平,可以用qPCR测mRNA的量,然后WB测蛋白表达。但是我现在想做的这个基因,我在asia.ensembl和NCBI上搜索后发现他编码8个mRNA,8种蛋白,那我应该怎样来检测这种基因的表达水平?
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小木虫刘树青: 金币+3, 好像最长的那个,肯定有啊。跟CDS长无关啊 2014-02-02 07:24:45
137167741: 金币+1, 鼓励交流~~ 2014-02-07 15:30:21
这个和你上次问的问题相关。
8个不同的mRNA对应着不同的蛋白质。你罗列下他们之间的异同点。
举个例子一个基因有A,B,C,D四个外显子
mRNA 1: A-B-C-D
mRNA 2: A-B--- D
mRNA 3: A---C-D
那你要做三个探针,B, C 以及 A或者D
如果 有B 没有C, A或者D的量比B多很多,那可能就是有mRNA 1和2
2楼2014-02-02 02:16:31
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li123h

铜虫 (初入文坛)

★
137167741: 金币+1, 鼓励交流~~ 2014-02-07 15:30:31
楼主要是研究该基因功能的,是不是还应该分别检测各个转录本的表大量?因为有时候不同的转录本活性不一样,甚至会有相反的作用。
3楼2014-02-07 14:26:28
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137167741

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

是总的水平还是各个剪接体的表达水平,问题没有说清楚呀。
前者的话,在各个剪接体共有部分设计定量引物或者探针就好了~
后者的话就需要至少一条引物在某种没有的片段上了~~
总有一天我要修改用户名。
4楼2014-02-07 15:33:18
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wangdunzju

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

同意楼上说法,要看你的目的是什么了?
检测总量感觉没太大意义,还是分开不同转录本分别检测吧!如果绝对定量的话,总量还能在加起来看
5楼2014-02-21 15:36:16
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