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breathwave

铜虫 (小有名气)

[交流] 关于高分子的分子动力学模拟软件

做高分子的分子动力学模拟的，除了用MS之外，还有什么软件啊？Gromacs？谢谢大家的指导~
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1楼 2013-12-26 16:51:58
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sciencejoy

新虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
breathwave: 金币+1 2013-12-30 09:31:13
月只蓝: 金币+1, 感谢指导。 2013-12-31 16:27:42
dlpoly, lammps, espresso,……，做高分子的分子动力学与其他的分子动力学没有啥特殊
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2楼2013-12-27 09:13:43
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breathwave

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-12-27 09:13:43
dlpoly, lammps, espresso,……，做高分子的分子动力学与其他的分子动力学没有啥特殊

谢谢啊 我老板说用MS做模拟可能比较简单，他建议用一个G开头的模拟软件来做，所以我来问问。
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3楼2013-12-30 09:32:33
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
breathwave: 金币+1 2013-12-31 10:19:40
月只蓝: 金币+1, 感谢指导。 2013-12-31 16:27:59
引用回帖:
3楼: Originally posted by breathwave at 2013-12-29 13:32:33
谢谢啊 我老板说用MS做模拟可能比较简单，他建议用一个G开头的模拟软件来做，所以我来问问。...

可能是指GROMACS。严格来讲高分子体系尺度太大，local minimum太多，不太适合用MD来研究，当然研究几个单体的小体系用MD是可以的。
更大的体系会用到DPD（这个模块很多软件都有，包括MS），Brownian Dyanmics以及SCFT.
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4楼2013-12-31 03:08:13
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