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珉珉的小辫

金虫 (小有名气)

[求助] 急救!cDNA做模板进行PCR克隆出的质粒测出了一段内含子

最近在用拟南芥cDNA模板克隆一个基因,基因长2.3Kb.用gateway方法和topo克隆同时筛选出了阳性菌落,接下来分段测序。这时问题出来了,在两种方法克隆出来的质粒中均测出了一段长32碱基的内含子。问题是两次方法用的是不同cDNA模板,所以我觉得可以排除模板的问题了吧。现在的问题就是想破脑袋也不明白为什么会出现这种情况。各位高手,牛人,麻烦帮忙分析一下吧。不胜感激!!!!
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zhaolf

木虫 (著名写手)

胖虎爱唱歌

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
珉珉的小辫: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-12-11 09:41:01
这种情况我遇到过,刚开始以为是splicing variant,后来发现插入的intron会导致蛋白翻译很快终止,于是我就另挑了菌落测序,就找到正确的不带intron的了。所以楼主还是再挑几个克隆测序吧。至于为什么会出现这种情况,我也不知道,O(∩_∩)O哈哈~
我是胖虎,我是孩子王!
2楼2013-12-11 07:46:26
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珉珉的小辫

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhaolf at 2013-12-11 07:46:26
这种情况我遇到过,刚开始以为是splicing variant,后来发现插入的intron会导致蛋白翻译很快终止,于是我就另挑了菌落测序,就找到正确的不带intron的了。所以楼主还是再挑几个克隆测序吧。至于为什么会出现这种情况 ...

谢谢!!也就是说只能不断地重复了?
3楼2013-12-11 09:40:43
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zhaolf

木虫 (著名写手)

胖虎爱唱歌

引用回帖:
3楼: Originally posted by 珉珉的小辫 at 2013-12-10 17:40:43
谢谢!!也就是说只能不断地重复了?...

反正我是挑了三个克隆,一个有intron插入,一个有点突变,一个是正确的。
我是胖虎,我是孩子王!
4楼2013-12-11 13:06:42
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sun_in_night

木虫 (小有名气)

★ ★
xy656691: 金币+2, 呵呵呵,我赞同 2013-12-12 10:25:54
还有一种可能是数据库预测的cDNA是不对的,这个很多的
5楼2013-12-11 22:08:37
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