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深圳超算中心vasp计算任务提交问题
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大家好，最近开始使用深圳超算中心的计算资源，给了32核的使用资源，但通过LSF提交作业后一直出现以下问题（附output输出文件）。输入文件的设置应该没有问题，在另一个集群上计算是可以正常进行下去的（VASP版本相同） 还望大伙儿热情应助哈 不胜感激！ 附： Warning: Permanently added 'gk1226,20.1.12.26' (RSA) to the list of known hosts. M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 running on 24 nodes M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 [gk0136:30250] *** An error occurred in MPI_Cartdim_get [gk0136:30250] *** on communicator MPI_COMM_WORLD [gk0136:30250] *** MPI_ERR_COMM: invalid communicator [gk0136:30250] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (your MPI job will now abort) distr: one band on 4 nodes, 5 groups vasp.5.2.2 15Apr09 complex POSCAR found type information on POSCAR Cu O POSCAR found : 2 types and 48 ions LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, Vosko type interpolation para-ferro POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected FFT: planning ...( 4 ) reading WAVECAR -------------------------------------------------------------------------- mpirun has exited due to process rank 22 with PID 30237 on node gk0136 exiting without calling "finalize". This may have caused other processes in the application to be terminated by signals sent by mpirun (as reported here). -------------------------------------------------------------------------- [gk0136:30224] 3 more processes have sent help message help-mpi-errors.txt / mpi_errors_are_fatal [gk0136:30224] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages Job /lsfhome/Soft/lsf/8.0/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin/openmpi_wrapper /home-gk/users/nscc472_LJ/bin/vasp TID HOST_NAME COMMAND_LINE STATUS TERMINATION_TIME ===== ========== ================ ======================= =================== 00000 gk1226 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00001 gk1226 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00002 gk1226 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00003 gk1226 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00004 gk1226 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00005 gk1226 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00006 gk1226 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00007 gk1226 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00008 gk1226 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00009 gk1226 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00010 gk1226 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00011 gk1226 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00012 gk0136 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:53 00013 gk0136 /home-gk/users/n Exit (5) 11/28/2013 09:10:50 00014 gk0136 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:53 00015 gk0136 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:53 00016 gk0136 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00017 gk0136 /home-gk/users/n Exit (5) 11/28/2013 09:10:50 00018 gk0136 /home-gk/users/n Exit (5) 11/28/2013 09:10:50 00019 gk0136 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00020 gk0136 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00021 gk0136 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:53 00022 gk0136 /home-gk/users/n Signaled (SIGPIPE) 11/28/2013 09:10:54 00023 gk0136 /home-gk/users/n Exit (5) 11/28/2013 09:10:50 |
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4楼2013-11-28 11:14:31
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先自顶一个 领这儿有一个类似问题的帖子http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=5110248&target=self&page=1 但是根据链接提示还是不晓得该怎么解决哎 求大神指导  |
2楼2013-11-28 10:31:31
emilyoyang
木虫 (正式写手)
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- 虫号: 1630291
- 注册: 2012-02-20
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
3楼2013-11-28 10:58:39
emilyoyang
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5楼2013-11-28 11:30:14
