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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » SMD模型做溶剂化效应
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shuangliu

新虫 (小有名气)

[求助] SMD模型做溶剂化效应

输入文件如下。好多结构都是用同样的命令进行计算，各结构原子数目等完全一样，都在-1380多Hatree，只有一个结构不正常在-2270多hatree.什么原因呢？怎么办？
还有，想请教一下SMD和IEFPCM的关系，看了说明书没看懂。。。
%chk=3A-PCM.chk
# b3lyp/genecp scf=tight scrf=(SMD,IEFPCM,solvent=C6H6)

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1楼 2013-11-18 18:18:24
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+3 2013-11-20 16:56:40
shuangliu: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-03-26 14:26:17
SMD溶剂模型包含了静电和非静电两部分。静电部分是使用特定参数下做IEFPCM计算，非静电部分是根据原子类型和接触面积近似得到的。参数是根据两千多个参考数据拟合出来的，目的在于得到准确的溶解自由能。

而平常说的Onsagar、PCM、IEFPCM、CPCM、COSMO、SCIPCM之类溶剂模型都只考虑溶剂的静电效应。
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12楼2013-11-19 18:49:55
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枪下游魂

木虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by lishijunzong at 2013-11-19 10:39:29
建议楼上，好好看看高斯中的溶剂化模型...

高斯说明书中是这样解释SMD的：
SMD： 对于Truhlar 及合作者的SMD溶剂化模型使用半径和非静电项进行
         IEFPCM 计算。对于计算溶液的ΔG，这是推荐的选项，它通过对感兴趣体系
         进行气相和SCRF=SMD 计算，得到能量差来完成。

从说明书来看，SMD这个关键词在高斯里归为PCM和CPCM模型的选项，而模型的关键词里并没有SMD选项。
所以我说高斯的SMD是算自由能。
望朋友指正。
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10楼2013-11-19 11:31:23
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普通回帖

lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
gkf高: 金币+1 2013-11-19 11:13:34
SMD本身就是一种溶剂化模型啊
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2楼2013-11-18 20:01:19
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shuangliu

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lishijunzong at 2013-11-18 20:01:19
SMD本身就是一种溶剂化模型啊

IEFPCM呢？也是一种模型啊。。。
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3楼2013-11-18 21:48:28
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shuangliu

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lishijunzong at 2013-11-18 20:01:19
SMD本身就是一种溶剂化模型啊

还有，您知道为什么算的差别这么大吗？
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4楼2013-11-18 21:49:52
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shuangliu

新虫 (小有名气)
找到错误原因啦，不小心输错了基组。。。。但是还是想请教一下SMD和IEFPCM的关系。两者是什么关系？看了说明书理解的是他们都是一种溶剂化模型，可是怎么会出现在一起使用scrf=(SMD,IEFPCM,solvent=C6H6)，不可能同时使用两种模型啊
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5楼2013-11-18 22:11:17
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
shuangliu: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-03-26 14:15:59
引用回帖:
5楼: Originally posted by shuangliu at 2013-11-18 22:11:17
找到错误原因啦，不小心输错了基组。。。。但是还是想请教一下SMD和IEFPCM的关系。两者是什么关系？看了说明书理解的是他们都是一种溶剂化模型，可是怎么会出现在一起使用scrf=(SMD,IEFPCM,solvent=C6H6)，不可能同 ...

SMD不仅是一种模型，还有也是一种能量。具体区分就看不同的情况了，作为能量是和表面有关的量，一般文献会说这个是自由能，但总觉得不一定把
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6楼2013-11-18 22:48:58
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何飘同学

新虫 (小有名气)
我也有同样的疑问?还请各位大神帮忙解释更多关于SMD模型!!十分感谢!
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7楼2013-11-19 08:53:01
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gkf高: 金币+2 2013-11-19 11:13:45
引用回帖:
6楼: Originally posted by lishijunzong at 2013-11-18 22:48:58
SMD不仅是一种模型，还有也是一种能量。具体区分就看不同的情况了，作为能量是和表面有关的量，一般文献会说这个是自由能，但总觉得不一定把...

高斯说明书中明确说了，SCRF=SMD  ------>  溶剂化deltaG
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8楼2013-11-19 08:55:01
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2013-11-19 08:55:01
高斯说明书中明确说了，SCRF=SMD  ------>  溶剂化deltaG...

建议楼上，好好看看高斯中的溶剂化模型
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9楼2013-11-19 10:39:29
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