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关于考虑溶剂中优化时的溶剂分子的处理
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limengru
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关于考虑溶剂中优化时的溶剂分子的处理
请教下,对于分子在溶剂中的优化时,是在输入构型的时候添加溶剂分子还是直接在gjf文件中添加Solvent=**的关键字,还是两者都需要?什么时候用哪种方法比较好?两种方法有什么区别?
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lyjoy
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2013-11-05 15:13:16
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2013-11-05 16:34:09
额,我记得高斯的说明书里有介绍这部分吧,采用关键字控制
scrf=(smd,solvent=""
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2楼
2013-11-05 16:01:37
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2013-11-05 16:34:16
用solvent=**就可以了,默认是水。
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2013-11-05 16:23:35
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2013-11-06 21:33:21
scrf=(pcm,solvent=water)~输入文件中这种命令体现的是一个溶剂效应,相当于加了一个力场来体现溶剂的作用~但是这种命令体现不出水的催化参与反应的作用,所以有些文献局部加了水分子来体现这种作用~
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思想有多远,我们就能走多远~
5楼
2013-11-05 22:17:49
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limengru
at 2013-11-05 16:32:35
不用在输入构型中添加溶剂分子吗?为什么有的文献的结构图中加入了溶剂分子?...
大多数情况下是不用加的。
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6楼
2013-11-06 08:44:06
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scrf=(pcm,solvent=water)~输入文件中这种命令体现的是一个溶剂效应,相当于加了一个力场来体现溶剂的作用~但是这种命令体现不出水的催化参与反应的作用,所以有些文献局部加了水分子来体现这种作用~
那什么时候需要加水分子
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7楼
2013-11-06 14:30:15
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limengru
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那什么时候需要加水分子...
参与反应或者与实验不吻合时可以考虑加水分子~
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8楼
2013-11-06 16:48:58
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