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shuangliu

新虫 (小有名气)

[求助] SMD模型做溶剂化效应

输入文件如下。好多结构都是用同样的命令进行计算,各结构原子数目等完全一样,都在-1380多Hatree,只有一个结构不正常在-2270多hatree.什么原因呢?怎么办?
还有,想请教一下SMD和IEFPCM的关系,看了说明书没看懂。。。
%chk=3A-PCM.chk
# b3lyp/genecp scf=tight scrf=(SMD,IEFPCM,solvent=C6H6)

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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhou2009: 金币+3 2013-11-20 16:56:40
shuangliu: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-03-26 14:26:17
SMD溶剂模型包含了静电和非静电两部分。静电部分是使用特定参数下做IEFPCM计算,非静电部分是根据原子类型和接触面积近似得到的。参数是根据两千多个参考数据拟合出来的,目的在于得到准确的溶解自由能。

而平常说的Onsagar、PCM、IEFPCM、CPCM、COSMO、SCIPCM之类溶剂模型都只考虑溶剂的静电效应。
12楼2013-11-19 18:49:55
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by lishijunzong at 2013-11-19 10:39:29
建议楼上,好好看看高斯中的溶剂化模型...

高斯说明书中是这样解释SMD的:
SMD: 对于Truhlar 及合作者的SMD溶剂化模型使用半径和非静电项进行
         IEFPCM 计算。对于计算溶液的ΔG,这是推荐的选项,它通过对感兴趣体系
         进行气相和SCRF=SMD 计算,得到能量差来完成。

从说明书来看,SMD这个关键词在高斯里归为PCM和CPCM模型的选项,而模型的关键词里并没有SMD选项。
所以我说高斯的SMD是算自由能。
望朋友指正。
10楼2013-11-19 11:31:23
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普通回帖

lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
gkf高: 金币+1 2013-11-19 11:13:34
SMD本身就是一种溶剂化模型啊
2楼2013-11-18 20:01:19
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shuangliu

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lishijunzong at 2013-11-18 20:01:19
SMD本身就是一种溶剂化模型啊

IEFPCM呢?也是一种模型啊。。。
3楼2013-11-18 21:48:28
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shuangliu

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lishijunzong at 2013-11-18 20:01:19
SMD本身就是一种溶剂化模型啊

还有,您知道为什么算的差别这么大吗?
4楼2013-11-18 21:49:52
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shuangliu

新虫 (小有名气)

找到错误原因啦,不小心输错了基组。。。。但是还是想请教一下SMD和IEFPCM的关系。两者是什么关系?看了说明书理解的是他们都是一种溶剂化模型,可是怎么会出现在一起使用scrf=(SMD,IEFPCM,solvent=C6H6),不可能同时使用两种模型啊
5楼2013-11-18 22:11:17
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
shuangliu: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-03-26 14:15:59
引用回帖:
5楼: Originally posted by shuangliu at 2013-11-18 22:11:17
找到错误原因啦,不小心输错了基组。。。。但是还是想请教一下SMD和IEFPCM的关系。两者是什么关系?看了说明书理解的是他们都是一种溶剂化模型,可是怎么会出现在一起使用scrf=(SMD,IEFPCM,solvent=C6H6),不可能同 ...

SMD不仅是一种模型,还有也是一种能量。具体区分就看不同的情况了,作为能量是和表面有关的量,一般文献会说这个是自由能,但总觉得不一定把
6楼2013-11-18 22:48:58
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何飘同学

新虫 (小有名气)

我也有同样的疑问?还请各位大神帮忙解释更多关于SMD模型!!十分感谢!
7楼2013-11-19 08:53:01
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gkf高: 金币+2 2013-11-19 11:13:45
引用回帖:
6楼: Originally posted by lishijunzong at 2013-11-18 22:48:58
SMD不仅是一种模型,还有也是一种能量。具体区分就看不同的情况了,作为能量是和表面有关的量,一般文献会说这个是自由能,但总觉得不一定把...

高斯说明书中明确说了,SCRF=SMD  ------>  溶剂化deltaG
8楼2013-11-19 08:55:01
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2013-11-19 08:55:01
高斯说明书中明确说了,SCRF=SMD  ------>  溶剂化deltaG...

建议楼上,好好看看高斯中的溶剂化模型
9楼2013-11-19 10:39:29
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