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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于amber中gaff力场和amber力场的原子类型的对应关系的问题
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陈闹钟

金虫 (初入文坛)

[求助] 关于amber中gaff力场和amber力场的原子类型的对应关系的问题

由于AMBER中GAFF力场是用小写字母表示的，AMBER力场是用大写字母表示的，现在我有个小分子得用到GAFF力场，同时这个小分子与蛋白质本身还有键的作用，这就会出现诸如：C - ne - cf 这种力场参数没有的提示，所以我想问下说：GAFF力场的每个原子类型与AMBER的原子类型是不是有对应关系？（比如说能再力场文件里面找到GAFF的"o" 对应AMBER中的“O2”这样的信息？？） 谢谢！
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1楼 2013-11-13 16:38:00
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
陈闹钟: 金币+5, ★有帮助 2013-11-13 23:13:03
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-11-14 09:08:05
没对应关系，你这种情况需要自己拟合力场参数
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2楼2013-11-13 21:00:14
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陈闹钟

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-11-13 21:00:14
没对应关系，你这种情况需要自己拟合力场参数

哦，好的，谢谢
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3楼2013-11-13 23:12:38
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