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stephenallan

金虫 (小有名气)

[求助] DGGE跑胶,为啥PCR产物一直停留在浓缩胶,没有往变性胶跑下去??

最近在做DGGE,PCR产物一直停在点样孔下面,电泳就跑到浓缩胶底,没有再往变性胶跑。
PCR产物约在250bp.
变性胶10%gel,梯度试了两个35-55%,,55-70%,都没有成功。
电泳条件:80V,13h;300,3h;200v,5h都试了,一样没有跑下去。
想了好久,排除了一些原因,还是没有 弄明白!

求助,这是什么原因?
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zq347597638

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我想问下 你的引物是有GC夹子的吗
6楼2013-11-09 09:23:21
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牧炀

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰,手有余香。分子生物期待你更多精彩 。 2013-11-03 17:31:42

没图嘛...
1、检查下你配的TAE buffer的pH值是不是正常
2、你换一下引物,引物的bp值不要太大了,199bp的就差不多了(我也不知道你的是多大的)
3、调整下上样量,往小了调,比如5μl的可以换成3μl或者2μl的
4、虽然不太可能,但是检查下你的胶有没有灌反了,从上到下是不是低到高的
5、你可以先用高电压比如240V把DNA先冲下来,然后换到差不多130-140V这样跑5-6小时  或者80过夜跑个14-15个小时这样

祝实验顺利...
2楼2013-11-02 21:20:13
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stephenallan

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 牧炀 at 2013-11-02 21:20:13

没图嘛...
1、检查下你配的TAE buffer的pH值是不是正常
2、你换一下引物,引物的bp值不要太大了,199bp的就差不多了(我也不知道你的是多大的)
3、调整下上样量,往小了调,比如5μl的可以换成3μl或者2 ...

别人用同一个仪器,TAE buffer一样,跑出东西了。
上样量是10μl,我看其他做的说是20-40μl的,还要往下调 么?为甚么哩 ?
灌胶这个是没错的,
第5个我试试看,谢谢~
3楼2013-11-02 22:15:14
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stephenallan

金虫 (小有名气)

4楼2013-11-04 16:07:14
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