| 查看: 3311 | 回复: 2 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
怎样以Ref RMS来评价autodock对接方法的可靠性（重对接法）
|
||
|
我用从下载下来的蛋白质晶体复合物中抠出的小分子，用AUTODOCK向该蛋白质上进行重对接，来验证对接方法的好与坏，那么当对接结果中的Ref RMS值小于多少时，结果可以接受，我的对接结果中，此值一直在1.53左右，这个结果正常吗？ 另外，其中一个化合物A比另外一个化合物B的IC50值低，对酶的抑制力好（暂且认为两个化合物对同一受体的结合口袋基本相同，那么只有当A的对接结果中的binding energy 比B的低，才能说明对接结果正常吗？ |
回复此楼» 猜你喜欢
限项规定
已经有6人回复
-
西南交通大学国家级人才团队2026年博士研究生招生（考核制）—机械、材料、力学方向
已经有3人回复
-
救命帖
已经有6人回复
-
英文综述是否需要润色及查重
已经有5人回复
-
为什么nbs上溴 没有产物点出现呢
已经有9人回复
-
招博士
已经有3人回复
-
最失望的一年
已经有18人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 用autodock对接，用什么软件定点突变蛋白质
已经有14人回复
- autodock对接中，通道窄，腔体大，会对接进去么
已经有4人回复
- autodock对接时蛋白的处理问题
已经有6人回复
- 用autodock做对接，box设置无法包括受体活性区域和配体
已经有6人回复
- 使用autodock4.2处理分子对接问题，在run autogrid时总是出错，请各位高人指点啊？？
已经有10人回复
- AUTODOCK对接步骤求助(附图）
已经有7人回复
- 用AutoDock作分子对接前的小分子能量最小化问题
已经有6人回复
- 【求助】高手求助,Autodock4 最后一步无法对接,弄了几天!
已经有7人回复
- 【求助】求助：怎样将Autodock做出来的对接图保存成pdb格式？谢谢
已经有12人回复
monsoncupid
金虫 (小有名气)
- 应助: 18 (小学生)
- 金币: 1629.9
- 红花: 3
- 帖子: 105
- 在线: 47.9小时
- 虫号: 2637881
- 注册: 2013-09-05
- 专业: 生物大分子结构与功能
3楼2013-10-23 19:24:10
monsoncupid
金虫 (小有名气)
- 应助: 18 (小学生)
- 金币: 1629.9
- 红花: 3
- 帖子: 105
- 在线: 47.9小时
- 虫号: 2637881
- 注册: 2013-09-05
- 专业: 生物大分子结构与功能
2楼2013-10-23 19:21:23