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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 怎样以Ref RMS来评价autodock对接方法的可靠性（重对接法）
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szhshuan

银虫 (正式写手)

[求助] 怎样以Ref RMS来评价autodock对接方法的可靠性（重对接法）

我用从下载下来的蛋白质晶体复合物中抠出的小分子，用AUTODOCK向该蛋白质上进行重对接，来验证对接方法的好与坏，那么当对接结果中的Ref RMS值小于多少时，结果可以接受，我的对接结果中，此值一直在1.53左右，这个结果正常吗？
另外，其中一个化合物A比另外一个化合物B的IC50值低，对酶的抑制力好（暂且认为两个化合物对同一受体的结合口袋基本相同，那么只有当A的对接结果中的binding energy 比B的低，才能说明对接结果正常吗？
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1楼 2013-10-22 22:58:59
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monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-10-29 14:39:53
补充一下下，因为都是天然底物和对接后底物构象之间的均方根偏差（RMSD）嘛，所以DS中的标准我想在这里也适用吧
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宅若久时天然呆，呆到深处自然萌
3楼2013-10-23 19:24:10
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monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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szhshuan: 金币+10, ★有帮助 2013-10-25 21:47:19
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-10-29 14:39:44
在DS中的话是RMSD值＜1.0是最好的，实在没办法了1以上也可以将就，多次对接都稳定在1.53的话说明没有巧合，这个对接算法就是这个水平啦，总而言之你这个结果也能用的不算离谱- -！~
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宅若久时天然呆，呆到深处自然萌
2楼2013-10-23 19:21:23
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