24小时热门版块排行榜    

查看: 3522  |  回复: 2

szhshuan

银虫 (正式写手)

[求助] 怎样以Ref RMS来评价autodock对接方法的可靠性(重对接法)

我用从下载下来的蛋白质晶体复合物中抠出的小分子,用AUTODOCK向该蛋白质上进行重对接,来验证对接方法的好与坏,那么当对接结果中的Ref RMS值小于多少时,结果可以接受,我的对接结果中,此值一直在1.53左右,这个结果正常吗?
另外,其中一个化合物A比另外一个化合物B的IC50值低,对酶的抑制力好(暂且认为两个化合物对同一受体的结合口袋基本相同,那么只有当A的对接结果中的binding energy 比B的低,才能说明对接结果正常吗?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
szhshuan: 金币+10, 有帮助 2013-10-25 21:47:19
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流! 2013-10-29 14:39:44
在DS中的话是RMSD值<1.0是最好的,实在没办法了1以上也可以将就,多次对接都稳定在1.53的话说明没有巧合,这个对接算法就是这个水平啦,总而言之你这个结果也能用的不算离谱- -!~
宅若久时天然呆,呆到深处自然萌
2楼2013-10-23 19:21:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-10-29 14:39:53
补充一下下,因为都是天然底物和对接后底物构象之间的均方根偏差(RMSD)嘛,所以DS中的标准我想在这里也适用吧
宅若久时天然呆,呆到深处自然萌
3楼2013-10-23 19:24:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 szhshuan 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上提前没消息,有中的吗 +10 archvillain 2026-08-02 12/600 2026-08-02 18:46 by hitlend
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 8/400 2026-08-02 18:44 by ca3DVAx4OB19
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 8/400 2026-08-02 18:44 by ca3DVAx4OB19
[博后之家] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 8/400 2026-08-02 18:24 by ca3DVAx4OB19
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 10/500 2026-08-02 18:18 by ca3DVAx4OB19
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 13/650 2026-08-02 18:14 by ca3DVAx4OB19
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 AS6fX1tr1on4 2026-08-02 12/600 2026-08-02 18:14 by ca3DVAx4OB19
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 16/800 2026-08-02 18:12 by ca3DVAx4OB19
[博后之家] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 16/800 2026-08-02 18:11 by ca3DVAx4OB19
[博后之家] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 20/1000 2026-08-02 18:04 by ca3DVAx4OB19
[考博] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 20/1000 2026-08-02 18:03 by ca3DVAx4OB19
[基金申请] 准备明年的基金了 +7 Tide man 2026-07-27 7/350 2026-08-02 16:43 by gltch
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 15/750 2026-08-02 16:23 by jHcrHMhbKCFV
[考博] 2027年申博 50+3 射雕英雄胜 2026-07-30 3/150 2026-08-02 09:36 by lfy8008
[基金申请] 微信指数没变化,科研之友没阅读 +14 wangze12014 2026-07-28 18/900 2026-07-31 18:35 by lzchaihuo
[高分子] HXDI做水性聚氨酯乳液,是不是特别容易出渣 15+3 yuyusuv 2026-07-29 3/150 2026-07-31 09:21 by huizingga
[基金申请] 你们的时间戳变了吗 +3 archvillain 2026-07-30 4/200 2026-07-30 18:53 by levinzhwen
[有机交流] 产物和副产物价值比较 30+4 小汤02 2026-07-27 5/250 2026-07-30 12:44 by czyzsu
[基金申请] 这种情况还有戏吗 +5 drbart 2026-07-27 11/550 2026-07-29 05:50 by drbart
[基金申请] 同事接到电话了,我却没有 +4 1234567wang 2026-07-27 4/200 2026-07-28 10:11 by GOODLUCKER
信息提示
请填处理意见