| 查看: 3265 | 回复: 2 | ||
[求助]
怎样以Ref RMS来评价autodock对接方法的可靠性（重对接法）
|
|
我用从下载下来的蛋白质晶体复合物中抠出的小分子，用AUTODOCK向该蛋白质上进行重对接，来验证对接方法的好与坏，那么当对接结果中的Ref RMS值小于多少时，结果可以接受，我的对接结果中，此值一直在1.53左右，这个结果正常吗？ 另外，其中一个化合物A比另外一个化合物B的IC50值低，对酶的抑制力好（暂且认为两个化合物对同一受体的结合口袋基本相同，那么只有当A的对接结果中的binding energy 比B的低，才能说明对接结果正常吗？ |
回复此楼» 猜你喜欢
博士读完未来一定会好吗
已经有21人回复
-
导师想让我从独立一作变成了共一第一
已经有5人回复
-
到新单位后，换了新的研究方向，没有团队，持续积累2区以上论文，能申请到面上吗
已经有11人回复
-
读博
已经有4人回复
-
JMPT 期刊投稿流程
已经有4人回复
-
心脉受损
已经有5人回复
-
Springer期刊投稿求助
已经有4人回复
-
小论文投稿
已经有3人回复
-
Bioresource Technology期刊，第一次返修的时候被退回好几次了
已经有9人回复
-
申请2026年博士
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
用autodock对接，用什么软件定点突变蛋白质
已经有14人回复- autodock对接中，通道窄，腔体大，会对接进去么
已经有4人回复
- autodock对接时蛋白的处理问题
已经有6人回复
- 用autodock做对接，box设置无法包括受体活性区域和配体
已经有6人回复
- 使用autodock4.2处理分子对接问题，在run autogrid时总是出错，请各位高人指点啊？？
已经有10人回复
- AUTODOCK对接步骤求助(附图）
已经有7人回复
- 用AutoDock作分子对接前的小分子能量最小化问题
已经有6人回复
- 【求助】高手求助,Autodock4 最后一步无法对接,弄了几天!
已经有7人回复
- 【求助】求助：怎样将Autodock做出来的对接图保存成pdb格式？谢谢
已经有12人回复
monsoncupid
金虫 (小有名气)
- 应助: 18 (小学生)
- 金币: 1629.9
- 红花: 3
- 帖子: 105
- 在线: 47.9小时
- 虫号: 2637881
- 注册: 2013-09-05
- 专业: 生物大分子结构与功能
2楼2013-10-23 19:21:23
monsoncupid
金虫 (小有名气)
- 应助: 18 (小学生)
- 金币: 1629.9
- 红花: 3
- 帖子: 105
- 在线: 47.9小时
- 虫号: 2637881
- 注册: 2013-09-05
- 专业: 生物大分子结构与功能
3楼2013-10-23 19:24:10